..續本文上一頁，究來究去，追至無可追，究至無可究，不知有人，不知有我，空蕩蕩，虛豁豁地，忽然咄地一聲，便知落處，則不被流俗阿師所瞞。(《普照國師法語》卷下〈示津陽彥信士〉)
須自己日常返照，看畢竟死了燒了，此一段靈明向何處去？即今轉動施爲、折旋俯仰是誰主宰？無想無夢之際，主人翁在甚麼處？孜孜返照，念念追尋，無間閑忙，不分晝夜。忽然不知不覺咄地一聲，便知落處，了了分明，更不問人也。般若之智，時時現前；一切境緣，如紅爐點雪；靈明湛寂，觌體如如。千魔百怪，不能動搖，如大圓鏡，物來便鑒物，去了無朕迹，所謂本來無一物，觸處獨圓明也，只此是出生死緊要處。(《普照國師法語》卷下〈示秀雲性英道人〉)
但看貪時，貪從何起？嗔時，嗔從何來？癡時，癡作何狀？看之照之，不計歲月，久久純熟打成一片，忽然咄(按：音duò)地一聲，便見本來面目，盡是大圓滿覺，于中覓一點貪嗔癡相了不可得，便是出生死，證菩提，到彼岸時節也。(《普照國師法語》卷下〈示小濱民部居士〉)
專入禅定者誰？提撕話頭者誰？或時不入禅定者又是誰？不提撕話頭者又是誰？如是參去，忽然看破兩重關，縱橫于天地之間，自由自在，則佛祖不相謾耳。(《普照國師法語》卷下〈示藤資清尚書〉)
善人誰縛汝？誰將生死煩惱與汝？既未知下落，須時時觀察，念念返照。忽然眉毛觸殺虛空，自有倒斷處，更不問人。乃知般若智現前，如亘天烈焰，一切夢幻空花，實時消殒，淨盡無余矣。(《普照國師法語》卷下〈示道成善士〉)
據此可知，隱元的參究自己身心的禅法的特點是：1、參究的對象是自己的身心，例如可參究自己的心性在何處？在行住坐臥、迎賓待客時心性在什麼地方？在思慮時與不思慮時心性是什麼樣子？死後火化了，靈魂到何處？也可參究自己的貪瞋之心，追問自己“貪時，貪從何起？嗔時，嗔從何來？”還可自已參究是誰在坐禅，誰在參扣話頭？參扣是誰在束縛自己，誰給自己帶來生死煩惱？2、參究的場合不限于在入定坐禅的時候，在晝叁夜叁的任何時間和行住坐臥乃至迎賓待客的任何場合皆可參究；3、在參究中對參究的問題要達觀對待，並且參究不要間斷，所謂“追來追去，究來究去，追至無可追”；“孜孜返照，念念追尋，無間閑忙，不分晝夜”；得到般若之智，心如明鏡；“看之照之，不計歲月”；“時時觀察，念念返照”；4、達到的最高精神境界是體悟自性(佛性)，認識一切皆空的道理，不再執著于分辨他與我、內與外、身與心等的世俗認識，從而出離生死，精神自由，即所謂“不知有人，不知有我，空蕩蕩，虛豁豁地”；“看破兩重關，縱橫于天地之間，自由自在”；“一切夢幻空花，實時消殒，淨盡無余”及《普照國師法語》卷下〈示仁禅人〉所說的“一念萬年，萬年一念，身心一如，我人一致” 。隱元強調，這種精神境界是通過長期參究而達到頓悟得來的，所謂“咄地一聲，便見本來面目”。
隱元雖然一再地表示，達到頓悟解脫不靠語言文字，不靠思維推理，然而他還是要求門下弟子要經常閱讀佛典乃至禅宗祖師的語錄。他製定的《黃檗清規·梵行章第五》中明確地規定：“凡是黃檗兒孫，須依黃檗規約持戒禮誦，增激參禅。禅暇不妨博覽藏典、尊宿語錄。”
(四)保持明代禅淨雙修的做法，參禅還要念佛
自北宋永明延壽(904－975)提倡禅淨雙修以後，不少禅僧也提倡修持淨土念佛黨法門，如南宋曹洞宗的真歇清了(1090－1151)、元代臨濟宗的中峰明本(1263－1323)、天如惟則(？－1354)等人，雖也標榜“自性彌陀，唯心淨土”，然而也皆提倡念佛。從隱元的著作和語錄來看，他雖很少正面提倡念佛，然而在他親自參與製訂的《黃檗清規》中確實有讀誦《阿彌陀經》和念阿彌陀佛的記載，例如：
晚堂誦《彌陀經》、《蒙山施食文》、《心經》、《往生咒》。
每月遇十四、叁十羯磨夜，誦《彌陀經》已。
晚間《彌陀經》(或《大悲咒》)、南無阿彌陀如來(叁遍)。
這實際是照搬中國漢地寺院的做法，與在佛教宗派壁壘森嚴的日本的禅寺是不一樣的。在他的弟子中，據《續日本高僧傳》卷五〈性瑩傳〉記載，隱元弟子獨湛性瑩(1629－1706)特別注重念佛，曾住持遠江(在今靜岡縣)初山寺、上野(在今群馬縣)國瑞寺，天和二年(1682)奉旨住持黃檗寺，先後十一年，“律身精嚴，兼修淨土，日課《彌陀經》四十八卷(按：經只一卷，此指誦經四十八遍)，禮佛叁百或五百返，恒持佛號，未嘗暫停”，最後在念佛中去世。日本臨濟宗妙心寺派學僧無著道忠所著《妙心寺志》中說，黃檗宗的“問答說禅”似禅宗，然而“高唱彌陀佛”似淨土宗，“手結印契”似真言宗。 這正反映了隱元所傳是中國進入明代以後盛行的帶有諸宗融合色彩的佛教。
盡管如此，隱元仍是從禅宗“即心是佛”和“自性彌陀，唯心淨土”的傳統觀點來對待淨土念佛法門的，如前面所引，他曾對丹羽玉峰居士說過“一念清淨圓明是彌陀……千佛萬祖，皆從一心而成，離心而成，則成外道。”另外他在一次上堂說法中引述了一首偈頌，其中有“一言之下了無生(按：體認諸法空寂無生無滅的道理)，始信自家是佛陀”之句(《普照國師語錄》卷下)；在《普照國師法語》卷下〈示陳道人〉中也有“念不淨，不往極樂；心不染，不來娑婆(按：指現實世界)。娑婆、極樂，只在當人心念淨染之間矣”。 從這裏可見隱元仍堅持中國禅宗的基本宗旨，將修持心地法門和體悟自性當作修行解脫的根本。
此外，黃檗寺僧衆在修行、經營佛事等方面長期保持中國明代禅寺的傳統，例如讀誦佛經用漢音，舉辦法會時演奏中國佛教的法器等。
(五)會通儒佛，在說法中提倡儒家忠孝之道
隱元在日本傳法過程中，除上堂說法、解答僧俗信衆的疑問外，還經常舉辦各種法會，其中有很多是應來自幕府、朝廷重臣或地方政府的官員、仕紳信徒的請求而舉行的追薦父母、祖先的法會。隱元在這些法會說法中提倡儒佛一致的思想，將儒家的倫理觀念與佛法巧妙地揉合在一起，既勸人孝親忠君，又教人信奉佛法，受到日本朝野的歡迎。
隱元在中國時雖正式上學讀書時間很短，然而經過刻苦自學和長期受到儒家思想文化的熏染，對儒家思想是十分熟悉的。這從他的大量語錄、著作可以看出。他認爲，一個在社會上有作爲的人，應當既懂得佛教又精通儒家學問。他曾說：
知儒方可入佛，入佛而後通儒。只如真俗不二一句，作麼生道？儒佛並擔真鐵漢，人間天上出頭高。(《普照國師語錄》卷上)
令知儒而後入佛，則成大家名流。蓋佛儒迹雖異，而心莫不皆同。心雖一，其修證不無小大淺深矣。(《普照國師法語》卷下〈示石川居士〉)
這些語句不像是向普通信衆講的，對象似乎是對儒學已有相當修養的人。隱元表示，只有了解儒學的人方可信奉佛教，而奉佛之後才能真正通曉儒學，做到儒、佛兼奉，在世間則能立功出名，即使死後生到天上也非同凡輩。他還說，佛教與儒家雖然表現形態各異，然而二者的“心”(基本宗旨、趨向)是一致的，但在修證要求和方式方面卻存在大小、淺深之別。言外之意自然是佛教屬大、深，儒家屬小、淺，佛教是優越于儒家的。
隱元在講述儒家的孝道時也貫徹了這種思想。他在應請爲不同信衆舉辦的追薦父母、先祖的法會上說過：
父母乃人生之大本，人主乃天下之大本，天地乃萬物之大本。佛祖乃群生之大本。能知大本之恩可報，其唯人中之孝欤。是以知恩方解報恩，識法乃能重法。知恩者知此大本也，以己推人，令普天之下盡行孝道，其恩不亦廣且大乎。重法者重世出世間之法，舍身衛護以壽將來，不亦悠久無疆乎。能立廣大悠久無疆之功，以成天下大孝，可謂至善至美矣。(《普照國師語錄》卷下)
爲孝不孝父母，非孝也。爲忠不忠其君，非忠也。不忠不孝，人亦不成，況僧乎！況佛祖乎！我等學佛之徒，須體佛心，淨佛戒，行佛言，證佛果。不唯一世二親已薦，乃至無量劫來父母俱已薦矣。(《普照國師語錄》卷上)
恩重天倫，禀乾坤之正氣；義存昆仲，盡孝悌之真心。正氣升，二儀判，叁才立，雨旸時，百谷登，萬民樂業，天道全矣。真心現，倫理明，敬事修，思慕切，哀樂當，生死去來，各正性命，人道成矣。若夫天人一貫，幽顯一致，十界一如，萬靈同體，冤親平等，逆順合轍，唯證乃知，非淺智之所測也。(《普照國師語錄》卷上)
隱元從不同角度闡釋孝道的重要性，主要有以下幾點：
1、人生之本是父母，天下之本是君主，萬物之本是天地，群生之本是佛祖。既然知本，就應當報本報恩，最重要的是奉行孝道。不僅自己孝敬父母，而且要勸導更多的人乃至天下人皆行孝，還應護特佛法。這個過程也是成就自己達到“至善至美”的道德境界的過程。
2、爲人之道最根本的是孝親忠君，如果做不到這點，不僅喪失人格，而且也沒有做僧的資格。出家爲僧者如果能夠如法持戒修行，達到解脫，可以追薦近世遠世父母皆得到超度。
3、孝悌之道感應于天地陰陽，人道貫通于天道。如果舉世修持孝悌，崇尚道德，便能感通天地陰陽，風調雨順，五谷豐登，國泰民安。……
隱元還告訴信衆，要行孝道，完善道德，首先要淨化自己的心性，說“一心清淨，一切處無不清淨；一心具足，一切處無不具足”，然後帶動全家，風行所致，“一家仁一國興仁，一家善一國興善，一家孝一國興孝。”(《普照國師語錄》卷上)
隱元這樣傳法，受到朝野民衆的歡迎，自然爲他在日本傳法帶來方便。
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