..續本文上一頁，法王說其過患比吃了他的肉、喝了他的血還要嚴重。
由于文革時期的動亂佛教遭受了嚴重的破壞。藏曆十六勝生周木牛年(西曆1985年)，法王上師在色達喇榮五明佛學院給叁千多僧人賜予列繞郎巴大師的伏藏法——《教藏集》的灌頂及傳承時提出，各寺院亟需整頓僧團。法王上師並且提出了叁條重要標准：
第一、一切功德的所依唯一是戒律。除了個別獲得了生起次第或圓滿次第成就的在家瑜伽士之外，寺院裏的人必須全部出家。並且根據律藏和密續法寶中的金剛句,別解脫戒和密宗叁昧耶戒已經毀犯，但可以還淨的，必需忏悔還淨；即使忏悔也不能完全還淨的人，必須從僧團中摒除，之後令其單獨精進忏悔罪障。
第二、無論是出家僧衆還是在家瑜伽士，作爲應供處都應該抛棄其它瑣事，著重講經說法、聞思修行，僧人們應該做的唯一事業便是護持教證的聖法。
第叁、在聞思修行時，不能摻雜世間八法，要使之成爲成就自他二利的因，成爲在家人等真正的頂禮處、供養處、皈依處。
參加灌頂的康巴等地的很多寺廟的僧人在法王上師前做出了鄭重承諾，發願依教奉行。
法王上師隨後發布了以這叁條標准爲核心的《公函·整頓戒律廣布文》，四川、青海、甘肅等地的大小寺廟群起響應，尊重戒律，精進聞思修行的正法氣象又在藏地恢複起來了。
法王上師強調，要守好叁乘戒律，必需深信因果，所以法王上師專門爲四衆弟子宣講了《百業經》、《賢愚經》等因果方面的經典。
法王上師多次傳講了《沙彌五十頌》、《根本說一切有部毗奈耶頌》(《花鬘論》)、《贊戒論》、《贊戒論淺釋》、《律經根本律》、《律經根本律廣釋》、《菩薩戒二十頌》、《入行論》、《叁戒論》、《實相寶藏論》(專門介紹密乘叁昧耶戒的寶典)等叁乘戒律的法寶。
法王上師還針對現代弟子的根性，專門撰著了有關叁乘戒律的教言，分別有《教誨·甘露明點》、《叁戒教言》、《教誨·天之甘露》、《教誨·老翁胡言》、《紀律教誡文》、《成就真實戒經科判》、《贊聖財無垢戒·淨罪甘露河》等法寶。
2、全面推行聞思修行
在教導大衆嚴格持戒的基礎上，法王上師大力推行聞思修行，親自講法，培養弟子。並多次表露他的心迹：一生以弘法利生爲己任，發願講法到最後時刻。
在藏地宗教信仰不自由的時候，法王秘密地在喇榮溝外的新寶山和獅寶山上爲弟子傳授佛法。1979年，宗教政策尚未全面落實，法王上師就在喇榮創建了五明佛學院，建立起了清淨的弘法僧團。
爲了弘揚佛法，法王上師甯舍身命也在所不惜。當年《公函·整頓戒律廣布文》發布後，一些嚴重破戒及毀壞密乘誓言的人就開始製造種種違緣、障礙。當時法王上師說：“在我清理整頓僧團之前，無論是在家人還是出家人沒有一個對我不歡喜的，自從整頓之後，有些人就視我若仇敵。然而，我只是想在佛教日薄西山的時候，通過清理整頓僧團，能使清淨的佛法哪怕是多住世一日的時間！我本人沒有絲毫自私自利之心，問心無愧，叁寶可以作證。爲了佛法我即使舍棄自己的生命也在所不惜，只有歡喜之心，一點兒也不會後悔。”終于在法王的堅定意志和盛大功德的感召下，整頓僧團的事業取得了全面成功。
1985年的藏曆六月初四吉祥日——本師釋迦牟尼佛初轉*輪日，上師法王在一千多名僧衆前發了兩個大願：
第一個願：依照寂天菩薩在《入行論·安忍品》中的偈頌：“任他踐吾頂，甯死悅世主”，法王上師發願說：“我從現在開始發這個願，從現在開始，即使所有的衆生踐踏在我頭上，我也不傷害他們，而以慈悲心來對待他們，以此讓世間怙主——諸佛生歡喜心。明年到五臺山在文殊菩薩面前，也要發這個願。”
第二個願：法王上師說：“我立下誓願，發無上殊勝的菩提心，最好能夠引導整個南瞻部洲的衆生趨入解脫，若做不到這樣，中等盡力救度泱泱大國的衆生，最起碼也要將藏地雪域的同胞安置于解脫道中。”
1986年，應多康各大寺院邀請，法王上師率衆活佛、堪布等長老比丘走訪藏地著名寺院、朝禮神山。在這一年裏，法王上師依次走訪了道孚、巴美、爐霍、康定、甘孜、新龍爲主的格魯、甯瑪、薩迦、嘎舉派的七十叁所寺院，朝谒了蓮花生大師的身、語、意、功德、事業五大神山。所到之處傳授出家沙彌戒和比丘戒，同時法王上師教導各個寺院的出家僧人們說：“你們首先需要認識到，佛法除了教法和證法以外再也沒有別的內容，思維安樂、痛苦都是無常的，所以雜事、次要的事等都應該放下來，應當只是聞思教法、修行證法。所有的宗派都是佛陀的聖法，故應當無偏袒地觀想清淨，不能以對自宗貪執對他宗抵製的心造下謗法的嚴重罪業。一切行爲都不要盲目跟隨濁世的衆生，要按佛陀的律藏中所講的那樣行持，一切功德的所依是清淨的戒律，護持叁乘戒律要像愛護自己的眼睛一樣。當今正值佛法衰落的時期，能通達一些正法的人不要一個人獨善其身，應該發起勇猛廣大的心，精勤講經說法，在這個濁世再也沒有比學法和弘法更殊勝的善法了。”當時曾經因爲宗派之間的芥蒂而引起較深矛盾的一些寺院，以及寺院中矛盾很深的出家人，都在法王上師的開示和調解下捐棄前嫌，重新團結和合。
當時各寺廟紛紛給法王上師供養了財物，但是老人家卻沒有接受。在這七十叁所寺廟中，沒有佛學院的法王上師就建立佛學院，已經有佛學院的法王上師就爲他們設立佛法課程，還爲在動亂年代中被染汙的神山作沐浴熏煙儀式，重新開光。
除此之外，法王上師還對在家居士著重宣講了四個共同加行(暇滿難得、壽命無常、因果不虛、輪回過患)、皈依、發心及在家戒等的學處，並爲他們傳授了皈依戒、齋戒和居士戒(很多年輕人受持一分、少分或多分居士戒，老年人大多數都受持了滿分居士戒)，同時也勸誡在家人們奉行十善，斷除偷盜、殺生等惡業。
尤其對靠打獵爲生的人，法王上師流著眼淚告誡說：“你們居住地附近的動物，都是你們過去世的父母，他們在世時爲了撫養你們而造了種種罪業，導致沒有往生善趣，更不用說獲得解脫的果位。他們臨終時又因爲耽著當地和親眷，而轉生爲當地的旁生。現在你們通過種種手段殺害它們，你們于心何忍呐？”
法王上師又說道：“我們的父母親由于曆史的原因，大多數都在饑荒年代或被餓死，或被迫害致死，都是在非常痛苦的狀態中死去的，那時候大家對他們連公開念一句“觀音心咒”的機會都沒有，這些大家都非常清楚。除了叁惡趣以外，他們是沒有別的地方可去的，你們應該用心地想想這些，不要再放逸度日，應當精進修持善法。”
獵人們聽後深受震撼，發誓永遠放棄打獵。其他發願斷惡行善、念誦佛菩薩聖號、心咒的人也不計其數。另外，很多地方結怨較深，甚至勢同水火的仇家，也在聆聽了法王上師的慈悲開示後，了結了往日的仇恨，學會了寬容和慈愛。
法王上師在學院創建之初，親自帶領弟子進行各個階段有次第的修行。經過幾年的嚴格培養，弟子們已經有了較深的造詣。法王上師于是選拔了數位出類拔萃的弟子，安排他們組建顯宗五部大論和密法的班級，傳講佛法，並派弟子到其他寺院講經說法。這樣，佛法的弘揚便如燎原之火，在康藏傳播開來了，這個製度化的模式培養出了一代又一代戒律精嚴、學修俱優的人才。
尼敦秋傑甯瑪活佛在《蓮花深藏》對此早有授記：
懷業山溝蓮花開，
洛若金鷹空中翔，
宏亮聲音傳十方，
飛禽皆集彼羽下。
其中的懷業山溝蓮花開即是代表如蓮花綻放形狀的自在懷業喇榮山谷；洛若寺的金色雄鷹代表法王(屬相)；空中飛禽代表他的眷屬。此外，大持明者具力金剛的授記中說：“色達地方法鼓之聲震天動地，悅耳動聽的妙音引來四面八方的蜜蜂雲集此處。”
法王如意寶培養出的大量優秀弟子，是當代佛法大廈的堅固基石。雖然法王上師化緣已盡，示現圓寂，但是數量衆多的弟子，如門措上師、丹增嘉措活佛、龍多活佛、索達吉堪布、慈誠羅珠堪布、希阿榮博堪布、齊美仁真堪布等，正以各種形式講經說法，勸人行善，繼承著法王上師的偉大事業。
3、引導、加持弟子往生極樂世界。
引導無邊無際的苦難衆生往生極樂世界是法王一生中的最大心願，也是最主要的事業。他老人家經常說：“我今生中最大的願望就是將凡與我結下仇緣或親緣的所有衆生都引到極樂世界。雖然有東方現喜刹土，邬金銅色吉祥山刹土等許許多多的清淨刹土，可是像西方極樂世界那樣功德圓滿，又極易往生的淨刹卻絕無僅有，而且往生後可以成就一切所願，無勤度化一切有情……”法王時常宣講極樂世界的功德，不僅自己發願往生極樂世界，並且勸無量有情發願往生。
菩提金剛在授記中寫道：
單堅阿拉木天喇榮溝，
邬金蓮師化身名晉美，
彼于菩薩四衆眷屬中，
廣弘顯密教法如明日，
利生事業頂天立地也，
清淨所化眷屬遍十方，
凡結緣者皆生極樂刹。
這明確指出：右邊是單堅神山、左邊是阿拉神山、具有木天女神山的喇榮山谷中，有蓮師化身名爲晉美彭措尊者，攝受比丘、比丘尼、優婆塞、優婆夷四衆眷屬，其有廣大的弘法…
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