..续本文上一页，法王说其过患比吃了他的肉、喝了他的血还要严重。
由于文革时期的动乱佛教遭受了严重的破坏。藏历十六胜生周木牛年(西历1985年)，法王上师在色达喇荣五明佛学院给三千多僧人赐予列绕郎巴大师的伏藏法——《教藏集》的灌顶及传承时提出，各寺院亟需整顿僧团。法王上师并且提出了三条重要标准：
第一、一切功德的所依唯一是戒律。除了个别获得了生起次第或圆满次第成就的在家瑜伽士之外，寺院里的人必须全部出家。并且根据律藏和密续法宝中的金刚句,别解脱戒和密宗三昧耶戒已经毁犯，但可以还净的，必需忏悔还净；即使忏悔也不能完全还净的人，必须从僧团中摒除，之后令其单独精进忏悔罪障。
第二、无论是出家僧众还是在家瑜伽士，作为应供处都应该抛弃其它琐事，着重讲经说法、闻思修行，僧人们应该做的唯一事业便是护持教证的圣法。
第三、在闻思修行时，不能掺杂世间八法，要使之成为成就自他二利的因，成为在家人等真正的顶礼处、供养处、皈依处。
参加灌顶的康巴等地的很多寺庙的僧人在法王上师前做出了郑重承诺，发愿依教奉行。
法王上师随后发布了以这三条标准为核心的《公函·整顿戒律广布文》，四川、青海、甘肃等地的大小寺庙群起响应，尊重戒律，精进闻思修行的正法气象又在藏地恢复起来了。
法王上师强调，要守好三乘戒律，必需深信因果，所以法王上师专门为四众弟子宣讲了《百业经》、《贤愚经》等因果方面的经典。
法王上师多次传讲了《沙弥五十颂》、《根本说一切有部毗奈耶颂》(《花鬘论》)、《赞戒论》、《赞戒论浅释》、《律经根本律》、《律经根本律广释》、《菩萨戒二十颂》、《入行论》、《三戒论》、《实相宝藏论》(专门介绍密乘三昧耶戒的宝典)等三乘戒律的法宝。
法王上师还针对现代弟子的根性，专门撰著了有关三乘戒律的教言，分别有《教诲·甘露明点》、《三戒教言》、《教诲·天之甘露》、《教诲·老翁胡言》、《纪律教诫文》、《成就真实戒经科判》、《赞圣财无垢戒·净罪甘露河》等法宝。
2、全面推行闻思修行
在教导大众严格持戒的基础上，法王上师大力推行闻思修行，亲自讲法，培养弟子。并多次表露他的心迹：一生以弘法利生为己任，发愿讲法到最后时刻。
在藏地宗教信仰不自由的时候，法王秘密地在喇荣沟外的新宝山和狮宝山上为弟子传授佛法。1979年，宗教政策尚未全面落实，法王上师就在喇荣创建了五明佛学院，建立起了清净的弘法僧团。
为了弘扬佛法，法王上师宁舍身命也在所不惜。当年《公函·整顿戒律广布文》发布后，一些严重破戒及毁坏密乘誓言的人就开始制造种种违缘、障碍。当时法王上师说：“在我清理整顿僧团之前，无论是在家人还是出家人没有一个对我不欢喜的，自从整顿之后，有些人就视我若仇敌。然而，我只是想在佛教日薄西山的时候，通过清理整顿僧团，能使清净的佛法哪怕是多住世一日的时间！我本人没有丝毫自私自利之心，问心无愧，三宝可以作证。为了佛法我即使舍弃自己的生命也在所不惜，只有欢喜之心，一点儿也不会后悔。”终于在法王的坚定意志和盛大功德的感召下，整顿僧团的事业取得了全面成功。
1985年的藏历六月初四吉祥日——本师释迦牟尼佛初转*轮日，上师法王在一千多名僧众前发了两个大愿：
第一个愿：依照寂天菩萨在《入行论·安忍品》中的偈颂：“任他践吾顶，宁死悦世主”，法王上师发愿说：“我从现在开始发这个愿，从现在开始，即使所有的众生践踏在我头上，我也不伤害他们，而以慈悲心来对待他们，以此让世间怙主——诸佛生欢喜心。明年到五台山在文殊菩萨面前，也要发这个愿。”
第二个愿：法王上师说：“我立下誓愿，发无上殊胜的菩提心，最好能够引导整个南瞻部洲的众生趋入解脱，若做不到这样，中等尽力救度泱泱大国的众生，最起码也要将藏地雪域的同胞安置于解脱道中。”
1986年，应多康各大寺院邀请，法王上师率众活佛、堪布等长老比丘走访藏地著名寺院、朝礼神山。在这一年里，法王上师依次走访了道孚、巴美、炉霍、康定、甘孜、新龙为主的格鲁、宁玛、萨迦、嘎举派的七十三所寺院，朝谒了莲花生大师的身、语、意、功德、事业五大神山。所到之处传授出家沙弥戒和比丘戒，同时法王上师教导各个寺院的出家僧人们说：“你们首先需要认识到，佛法除了教法和证法以外再也没有别的内容，思维安乐、痛苦都是无常的，所以杂事、次要的事等都应该放下来，应当只是闻思教法、修行证法。所有的宗派都是佛陀的圣法，故应当无偏袒地观想清净，不能以对自宗贪执对他宗抵制的心造下谤法的严重罪业。一切行为都不要盲目跟随浊世的众生，要按佛陀的律藏中所讲的那样行持，一切功德的所依是清净的戒律，护持三乘戒律要像爱护自己的眼睛一样。当今正值佛法衰落的时期，能通达一些正法的人不要一个人独善其身，应该发起勇猛广大的心，精勤讲经说法，在这个浊世再也没有比学法和弘法更殊胜的善法了。”当时曾经因为宗派之间的芥蒂而引起较深矛盾的一些寺院，以及寺院中矛盾很深的出家人，都在法王上师的开示和调解下捐弃前嫌，重新团结和合。
当时各寺庙纷纷给法王上师供养了财物，但是老人家却没有接受。在这七十三所寺庙中，没有佛学院的法王上师就建立佛学院，已经有佛学院的法王上师就为他们设立佛法课程，还为在动乱年代中被染污的神山作沐浴熏烟仪式，重新开光。
除此之外，法王上师还对在家居士着重宣讲了四个共同加行(暇满难得、寿命无常、因果不虚、轮回过患)、皈依、发心及在家戒等的学处，并为他们传授了皈依戒、斋戒和居士戒(很多年轻人受持一分、少分或多分居士戒，老年人大多数都受持了满分居士戒)，同时也劝诫在家人们奉行十善，断除偷盗、杀生等恶业。
尤其对靠打猎为生的人，法王上师流着眼泪告诫说：“你们居住地附近的动物，都是你们过去世的父母，他们在世时为了抚养你们而造了种种罪业，导致没有往生善趣，更不用说获得解脱的果位。他们临终时又因为耽著当地和亲眷，而转生为当地的旁生。现在你们通过种种手段杀害它们，你们于心何忍呐？”
法王上师又说道：“我们的父母亲由于历史的原因，大多数都在饥荒年代或被饿死，或被迫害致死，都是在非常痛苦的状态中死去的，那时候大家对他们连公开念一句“观音心咒”的机会都没有，这些大家都非常清楚。除了三恶趣以外，他们是没有别的地方可去的，你们应该用心地想想这些，不要再放逸度日，应当精进修持善法。”
猎人们听后深受震撼，发誓永远放弃打猎。其他发愿断恶行善、念诵佛菩萨圣号、心咒的人也不计其数。另外，很多地方结怨较深，甚至势同水火的仇家，也在聆听了法王上师的慈悲开示后，了结了往日的仇恨，学会了宽容和慈爱。
法王上师在学院创建之初，亲自带领弟子进行各个阶段有次第的修行。经过几年的严格培养，弟子们已经有了较深的造诣。法王上师于是选拔了数位出类拔萃的弟子，安排他们组建显宗五部大论和密法的班级，传讲佛法，并派弟子到其他寺院讲经说法。这样，佛法的弘扬便如燎原之火，在康藏传播开来了，这个制度化的模式培养出了一代又一代戒律精严、学修俱优的人才。
尼敦秋杰宁玛活佛在《莲花深藏》对此早有授记：
怀业山沟莲花开，
洛若金鹰空中翔，
宏亮声音传十方，
飞禽皆集彼羽下。
其中的怀业山沟莲花开即是代表如莲花绽放形状的自在怀业喇荣山谷；洛若寺的金色雄鹰代表法王(属相)；空中飞禽代表他的眷属。此外，大持明者具力金刚的授记中说：“色达地方法鼓之声震天动地，悦耳动听的妙音引来四面八方的蜜蜂云集此处。”
法王如意宝培养出的大量优秀弟子，是当代佛法大厦的坚固基石。虽然法王上师化缘已尽，示现圆寂，但是数量众多的弟子，如门措上师、丹增嘉措活佛、龙多活佛、索达吉堪布、慈诚罗珠堪布、希阿荣博堪布、齐美仁真堪布等，正以各种形式讲经说法，劝人行善，继承着法王上师的伟大事业。
3、引导、加持弟子往生极乐世界。
引导无边无际的苦难众生往生极乐世界是法王一生中的最大心愿，也是最主要的事业。他老人家经常说：“我今生中最大的愿望就是将凡与我结下仇缘或亲缘的所有众生都引到极乐世界。虽然有东方现喜刹土，邬金铜色吉祥山刹土等许许多多的清净刹土，可是像西方极乐世界那样功德圆满，又极易往生的净刹却绝无仅有，而且往生后可以成就一切所愿，无勤度化一切有情……”法王时常宣讲极乐世界的功德，不仅自己发愿往生极乐世界，并且劝无量有情发愿往生。
菩提金刚在授记中写道：
单坚阿拉木天喇荣沟，
邬金莲师化身名晋美，
彼于菩萨四众眷属中，
广弘显密教法如明日，
利生事业顶天立地也，
清净所化眷属遍十方，
凡结缘者皆生极乐刹。
这明确指出：右边是单坚神山、左边是阿拉神山、具有木天女神山的喇荣山谷中，有莲师化身名为晋美彭措尊者，摄受比丘、比丘尼、优婆塞、优婆夷四众眷属，其有广大的弘法…
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