..續本文上一頁慧遠說服了反對意見，也委婉地否認了君權對僧侶如同父子的倫理觀念，但是他主張在家信徒應服從禮法，又表現出兼顧佛儒的態度。
另一個「沙門袒服」的爭論是圍繞僧人披袈裟、袒右肩的問題展開的。儒家禮製一貫重視服飾，把服飾與等級差別聯系在一起，並與吉凶相附會。沙門的穿著被認爲是蔑視常禮，鎮南將軍何無忌爲此寫了<難袒服論>，對沙門袒服提出異議，與慧遠展開討論。何無忌的根據是中國一向以「左」爲吉利，而「右」則主凶兆，所以沙門袒露右肩是不可取的。慧遠作了《沙門袒服論》和<答何鎮南書>，指出印度與中國的習俗不同，沙門也和世人有別，只要實行儒家的仁愛和佛教的慈悲，宇宙就會萬物齊一，無所謂優劣吉凶了。慧遠巧妙地維護了沙門袒服，但是他在這裏又一次兼顧了儒家和佛教的倫理觀念。
慧遠調和儒佛的做法，早由牟子在《理惑論》中使用了。《理惑論》在爲沙門辯護時，主要是以儒家經典或儒家心目中的聖人作爲論據，以說明沙門的行爲舉止並不違背儒家的倫理道德，論證儒佛兩家在倫理觀念上是兼容相通的。儒家指責僧人剃頭有違孝道，牟子引用孔子的話說，對于「道」不僅要理解，而且要靈活運用，只要動機是高尚的，就不應計較他的小節。同時指出，雖然泰伯文身短發，豫讓吞炭成啞，聶政剖皮破相，但是他們仍然受到尊敬，因而沙門爲修道而斷發也是不違背孝道的。泰伯等人是儒家所認可的賢人義士，所以牟子的模擬在邏輯上是有力量的。
儒家指責僧人不娶妻，無後嗣是違背孝道，牟子以許由和伯夷、叔齊爲例說，這些賢人也都沒有後嗣，但是孔子仍然稱贊他們是「求仁得仁」的高士，因此，沙門的抛妻或不娶也同樣應該受到贊揚了。
儒家指責僧人穿袈裟、不跪拜是違背了禮法，牟子以叁皇時代爲例，指出那時的人裹獸皮，根本就談不上嚴裝華冠，但仍然被儒家稱贊，因此沙門的穿著也並不違背禮法。
牟子的模擬雖然機智，論證卻並不充分，事實上，由于儒佛兩家在倫理觀上原本存在分歧，也很難充分地論證。但是他調和儒佛兩家的倫理觀，卻反映了中國初期佛教的一個特點。
⑷論神魂和生死：漢代佛教最重要的信條是神魂不死，輪回報應。這也是《理惑論》所重視的一個問題。牟子分叁個層次表達了他的看法：
第一、問者提出：佛家說人死了以後還能複生，那會有這種事呢？
牟子回答說：當一個人剛剛死去時，他家裏的人就會到屋頂上去叫他的名字，人已經死了，還叫誰呢？ 這是在呼喚他的神魂。神魂如果回來，人會複生，如果神魂不回來，就會變成鬼神。所以說人死了以後只不過是身體朽爛，而神魂是不死的。
身體就像植物的根葉，神魂就像植物的種籽，根葉終有一死，種秄卻會留存下來，人得了道也是這樣，神魂猶存而身體消亡。《老子》說：「我所以有大憂患，是因爲我有身體，如果我沒有身體，我還有什麼可憂慮的呢
」(見《理惑論》第十二章)
牟子的這一段議論表明了他對「神魂」的看法。在他看來，神魂是不會死的，人死了只是身體消滅了而已，神魂卻可以離開肉體獨立生存。正因爲神魂不滅，所以人死後就可能複生，只要能把神魂叫回來，剛剛死去身體尚未朽爛的人就可以重返陽間。然而不是什麼人都能複生，有的神魂並不回來，而是跑去變成了鬼神。這就又引出了輪回報應論。
第二、既然人的身體猶如植物的根葉，終有一死，那麼修道與不修道又有什麼兩樣呢？
牟于回答說：有道德的人雖然也難免一死，但是他們的神魂將歸于福地，爲非做歹的人死了以後，他們的神魂將遭受禍殃。修道與不修道相比，就像黃金比草芥；行善與做惡相比，就像光明對黑暗，怎麼會沒有區別呢？ (見第十二章)牟子這番議論講的就是善惡報應論了。善惡的輪回報應是以神魂不死爲前提的，因神魂不死，輪回報應才能得到解釋。
第叁、問者提出：孔子說：「人還不能事奉好，怎麼能事奉鬼？ 生的道理還沒弄明白，怎麼能懂得死？ 」這可是聖人說的話，而佛家卻喜歡大談生死和鬼神，這不是在否定聖人的話嗎？
牟子回答說：你這樣說正所謂只見表面而不懂實質。孔子對子路弄不清事情的本末主次不滿，才在子路問怎樣事奉鬼神時作出那樣的回答。《孝經》說：「設立家廟，以事奉鬼的禮節祭祖先人；春秋祭祀，按時追思去世的親人。」又說：「先人活著時要敬愛他們，先人死去後要向他們表示哀戚。」難道這不是教人們事奉鬼神，懂得生死嗎
周武王病重，周公想代替他去死，爲此向周人的先祖請命說：「我姬旦多才多藝，能事奉鬼神。」這又是什麼意思呢
佛家談論神魂和生死，難道不是與此相同嗎？ (見第十叁章)
《理惑論》對神魂生死的論述，再一次表現出佛教與儒家和道家相一致的基調。神魂不死和輪回報應畢竟是神秘的，讓中國人接受這些信條，必須尋求中國傳統思想的支持，這就勢必要引儒道以說佛。牟子引用《老子》和《孝經》，又舉出周公爲武王請命的例證，說明神魂不死和輪回報應與道家儒家的經典並不矛盾，與聖賢的言行並無沖突。
善有善報、惡有惡報的輪回報應說，是佛教關于人生的價值和命運的基本理論，是佛教在民衆中最具吸引力和影響力的一種學說，也是佛教得以在民間廣泛而又持久流傳的思想支柱。而這一理論又是依賴于神魂不滅論的，唯神魂不死，輪回轉生才能夠實現；也只有神魂不死，持戒修行或信仰佛教才有了實在的意義。因此，神魂不滅論實際上就成了中國佛教理論的主要支撐點。
印度佛教原本是反對神教的，大乘空宗從「緣起性空」的觀點出發，否定一切實體，也否認有不滅的神魂。但是由于佛教講輪回報應，就碰到了輪回的承擔者問題，也即由什麼來承擔輪回，輪回的主體是什麼？ 佛教傳入中國以後，中國的僧人和當時的思想界解決這個問題並沒有碰到多大困難，顯然，輪回的主體必須是不朽的，而中國傳統思想中本來就有「靈魂不死」的觀點，于是輪回報應與靈魂不死就結合了，從而主張「神不滅論」就成爲中國佛教的一個特征。
神不滅論在漢魏之際和南北朝時期尤其盛行。袁宏《後漢紀》中說：「又以爲人死精神不滅，隨複受形，生時所行善惡皆有報應，故所貴行善修道，以煉精神不已，以至無爲，而得爲佛也。」範晔《後漢書》中也說：「又精靈起滅，因報相尋。」這是對當時中國佛教信奉神魂不滅和輪回報應的記載。其要點就是：相信精神不死，隨後可以附體轉生；生前的善行或惡行都有報應；因此要行善修道，以至進入無爲境界而成佛。《理惑論》作爲佛教論著對神魂不死所作的闡述，正與史書記載相應和。
神不滅論經過東晉名僧慧遠和南朝粱武帝蕭衍的宣揚，在晉末南北朝時期被進一步理論化、系統化。慧遠著有《叁報論》和《明報應論》，把印度佛教的「業報」輪回思想與中國的迷信之說結合起來，提出了「造業必得報」的主張。在佛教中，「業」泛指一切身心活動，慧遠說：業有身業、口業、意業叁種，又有現報、生報、後報叁報，而生有前生、今生和後生。身業是指行動，口業指語，意業指思想。
現報是此身在今生就會受到的報應，生報是來生也即後生將會受到的報應，後報則是經過若幹年以後才出現的報應。慧遠的這一解釋意味著，今生的言行思想，不一定在今生得到報應；今生所得到的報應，也未必就是由今生的言行思想帶來的，也可能是前生「造業」的結果。這樣一來，行善就不能是短期行爲，必須長期積累。而作惡也終有一報，現在不報是因爲時候未到。這種富有彈性的理論圓滿地解釋了任何因果報應。
慧遠還以「火薪之喻」發揮了「形死神不滅」的思想。「薪」就是柴木，形是指人體，慧遠在《沙門不敬王者論》中比喻說：「火之傳于薪，猶神之傳于形。火之傳異薪，猶神之傳異形。」這種形死神不滅，神魂可以在新的形體轉生的思想，梁武帝在《立神明成佛義記》中也作了論證，其特點是認爲在人體內有一個永傳不斷的「真神」，所以人人都能成佛。
中國佛教的神魂不滅和輪回報應的理論，受到了來自兩個方面的批評。一種批評來自思想界，齊梁時的無神論者範缜撰寫了著名的《神滅論》，提出了「形質神用說」，指出形是本質，神是功用，神是依附于形的。從而主張形消神滅。《理惑論》中的「問者」對神魂不滅提出質疑，也是來自思想界的批評。另一種批評來自佛教界內部，中國化的佛教仍然是一種佛教，如果它離開傳統佛教太遠了，自然會引起另一些佛教徒的指責。東晉僧人竺道生一反漢魏神魂說的傳統，提出了佛性論。根據竺道生的佛性論，佛性非空，也不是神明；衆生並沒有生死中的「我」，一旦得理，就能成佛。
自從竺道生新意出奇地提出佛性論，又經過南北朝時期神滅論的辯爭之後，中國佛教漸漸抛棄了漢魏以來的神魂說傳統，代之而起的是隋唐百家爭鳴的佛學研究風氣了。
上述表明，《理惑論》中所討論的神魂生死問題，實在是中國佛教史上影響至大的問題。《理惑論》闡述這個問題的意義在于，它印證了在漢末時候神魂生死已經被廣泛談論並引起爭議，而當時的佛教信徒還拿不出系統化的理論張揚神魂說，因此藉助于儒道兩家的理論支持，就成爲一種曆史的必然了。
㈤批評神仙道術：《理惑論》嚴格區別了道家學說與神仙道術，一方面主張佛教和道家一致，另一方面又對道術提出批評。這表征著佛教由漢代向魏晉風氣轉變時期的時代精神。這一點前文已有論述，但是，批評神仙道術是《理惑論》中的一個重要內容，而且前論未詳，仍需要予以評說。《理惑論》對神仙道術的批評涉及以下幾個方面：
第一、問者提出：道教的神書一百七十卷，講的是神…
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