8月，《題十八應真手卷》載于《妙*輪》，系大師爲《十八應真手卷》所題，題文內容借用了宋代雲門宗中興之祖雪窦重顯禅師(980～1052)所撰《僧寶》一詩(載《明覺禅師語錄》)內容。同月，大師與興慈老法師、圓瑛老法師、應慈老法師等聯合署名的《崇德語溪淨業社修建募緣起》載于《覺有情》半月刊，後又于9月刊于《佛學半月刊》。
是年，大師書孫過庭《書譜》扇面贈克鈞先生，此扇面曾現身于一拍賣會。
盛幼盦(法名普慧)出資在上海成立普慧大藏經刊行會，會址初設于上海靜安寺，後遷法藏寺。盛自任會長，編纂者有持松、芝峰、黃幼希、許圓照、範古農、李圓淨等。主要是彙集校勘諸經本，改訂曆代翻譯名義之異同，搜集未載之重要典籍。抗戰勝利後，因經費困難等原因自行中止。後于1946年，虛雲、圓瑛等人發起刊行《民國增修大藏經》，曾將方冊本《普慧藏》第一期五十種作爲該藏的第一期單行本予以重印。《普慧藏》紙型今存于南京的金陵刻經處，現已重印。
1944年，民國33年，甲申，51歲
1月1日，所撰的《編印華嚴疏鈔始末因緣》載于《覺有情》半月刊“華嚴疏鈔編印專號”，曰：“《華嚴疏鈔》不但是複興賢首宗的續命湯，而且是探討八十《華嚴》的指南針。”“《華嚴疏鈔》出世不久，流行還未普遍，就遇著武宗的毀滅佛法。當時《經》、《疏》、《鈔》原是各別成部，展轉傳抄，難免錯訛，這時中國連錯訛的也沒有了，流傳到高麗去了，一直到宋朝方才由高麗取回來，淨源法師才把《疏》錄在《經》的下面，名曰《華嚴經疏注》，《鈔》還是另外的。到明朝嘉靖時，妙明和尚方才連《鈔》會在一處。”“《疏鈔》既是後人所會，因卷數太多，會刻的人或前後照應不到，或有意刪削，所以前後的文多不連貫，甚至大段的刪略了，展轉翻刻，越誤越多，看的人也都不會細細的留心校對，所以多年並沒有人想著要重新校刻。”“所以“華嚴疏鈔編印會”就在這時勢艱難期間，勉力的組織起來了。這事的動機雖然是徐蔚如居士，可是努力促成的功勞，還是李圓淨居士和蔣竹莊居士。因他們兩人的努力，和黃幼希居士之肯毅然出而主任編訂，又遇著應慈老法師正在上海開辦華嚴學院，一般會衆也都希望這件事早日成功，時節雖然差一點，可是因緣卻很具足的了。”
4月1日，《傷呂碧城居士之逝》載于《覺有情》半月刊。
6月6日至12日(陰曆閏四月十六至二十二)，大師于聖仙慈寺啓建尊勝息災法會。《覺有情》半月刊載文曰：“本埠善信多人，慨災劫未艾，民生劇苦，特籲請持松大阿阇黎，就南通路(舊淡水路)聖仙禅院開建尊勝息災法會，以密宗軌範，建壇作法。同時請顯教比丘五十位，輪流念佛七晝夜，冀仗叁寶威神，救濟有情苦厄。自陰曆閏四月十六日起，至廿二日圓滿。希各界善信隨喜參加，同沾法益。”
是年，韓惠安居士長子于漢口經營失敗，來滬要將瑜珈精舍出售抵資。韓居士也無奈，衆人皆爲之歎息，兩幅巨大曼荼羅遂轉移至弟子陳承輝家中收藏。此兩幅曼荼羅是日本穆韶祖師贈予大師者，名貴異常，雖經數百年，佛像依然鮮豔如故。自此，大師又回聖仙慈寺居住。
11月，應“來蘇社”之請所撰《木祖師二百歲壽》載于《木道人二百歲紀念特刊》。該刊由《木铎聲》編輯處編，上海道德書局出版。吳企堯老居士記得：當時正值日寇占領上海，在《木道人二百歲紀念特刊》中看到持松大師有“多情十法界，無情一草木”等詩句，感到詩中洋溢著大氣磅礴的愛國愛教精神。他說，持松大師德高望重，一生愛國愛教的感人事迹很多，凡有勝緣讀到記述高僧大德事迹的書，是通過文字般若熏受的福報，有利于積極向上提高素質，有利于社會和諧、世界和平。
1945年，民國34年，乙酉，52歲
陰曆十二月，爲《彌陀經像義》作序，刊于次年之《覺有情》半月刊。序文雲：“佛教亦稱像教，以其觀像而啓信仰也。故真言宗叁密相應，首重意密。淨土《十六觀經》雲：“十方諸佛，淨妙國土，從心想生”。《華嚴經》雲：“一切唯心造”。蓋無在而不由乎心矣。《彌陀經》雖教人持名，然一經首尾，即是彌陀曼荼羅，若能隨文起觀，則于持名必有大助。宋慧崇、李福惠二居士所繪《彌陀經像義》，實又爲隨文起觀之大助也，即此功德，已可作他年上品之因。故隨喜贊歎，爲題數語于首。”
大師于序中所指之心，非單指吾人之肉團心，乃屬意識思維，即“心意識”，如俗語中常用之“真心、好心、良心……”等等，屬密教六大(地水火風空識)之識大。肉團心無有正邪、好惡、美醜之分；而真善美、邪惡醜等種種事物概念，已由意識思維起諸行動而顯現。大師于首即雲叁密相應，首重意密，故于持彌陀名號時，勸隨文起觀(觀即意識作用)必有大助！
2月，大師在上海佛教功德林主持佛化婚禮，並致辭，曰：“夫結婚而用佛教儀式，在佛教入中國以來尚無先例，因無先例，世人得勿歎爲奇聞耶？或以佛教爲禁欲主義，而不宜有結婚儀式；或以佛教專屬比丘，而不應在佛前結婚。然一經解說，匪特不奇，且屬當然之舉，既爲當然，則不如是反爲奇聞矣！”“今以佛教儀式結婚，較之普通非中非西非新非舊之雜湊儀式，莊嚴多矣！鄭重多矣！在功德林蔬食處結婚，較之尋常酒肉葷腥之餐館旅店，清淨多矣！肅靜多矣！在功德林蔬食處結婚，較之尋常酒肉葷腥之餐館旅店，清淨多矣！肅靜多矣！”“欲以佛教儀式行之家庭，必須在家居士努力倡導，始克有效也。新郎新娘今日既以佛教儀式相結合，當知有大因緣，有大善根，始得生在佛教家庭，而又得此空前創舉也，必須從此發菩提心，堅固不退，勇猛精進，以道相勖。昔者菩薩大士，有發願生生世世爲夫妻，互相警策，互相提攜者。故知今日之會，不特見者聞者隨喜贊歡，而亦常自慶自幸者也。”
春，應慈老人組織重編《華嚴經探玄記》告竣，大師奉老人命作《重編華嚴經探玄記序》。重編之《華嚴經探玄記》收入《普慧大藏經》。
大師的願望載于上海《雜志》月刊第4期“今年的願望”特輯，曰：“願盡虛空遍法界，一切有情，于民國卅四年起鹹趣安樂，永息爭端，同發無等等阿耨多羅叁藐叁菩提心，離一切叁毒五欲之妄念，證究竟種智之覺果。”
自上海淪陷，爲躲避日僞之威逼利誘，大師即杜門謝客，著書立說。爲此，計劃將從日本取回之唐密教理、事相等寫出，以利來哲修學。至此，計大師撰寫論著、纂注、疏解四十余部、七十余冊，各類儀軌、行法記等計二十余種。
7月，日本投降前夕，鑒于國難深重，人民顛沛流離，大師乃決定偕弟子陳承輝、許華瀚修“仁王護國法”。但因無壇場，只得于聖仙慈寺之東廂設一方便壇，購置黑布遮蔽，不對外宣說。如是壇內每日修法不斷，外面無一人知曉。此次秘密修仁王護國法以9日爲期，每天修一座法， 9座法即圓滿。經過精心准備，修法開始，許第一個上座，陳次之，大師最後上座，師徒每人修了叁座法，第九日結壇。結壇時，許、陳問大師是否也在修降服法，大師點頭稱是。二人想輪修一次，大師說不必了。
唐密修法與衆不同，行者跏趺坐于禮盤之上，用淨布遮蓋所結手印、默誦真言、深入觀想，壇場內聲息全無。如需助修者，則侍立于主修壇旁，隨時遞給所需法器，及照看好香花燈塗等供品。整座行法中寂靜肅穆、莊嚴祥和，氣氛與其他宗派迥異。
9月5日(陰曆七月二十九)，大師應諸弟子之請，于聖仙慈寺內結壇修地藏法，祈願息災度亡。其時，有甘肅弟子成超健寄來血繪地藏菩薩聖像一幀，供養大師。《覺有情》編者有緣同與法筵，得大師許可後，將所撰之《地藏菩薩表白文及贊詞》刊于《覺有情》半月刊“護國成功慶祝特刊”。
武桐荪居士抗戰時于重慶中央銀行任要職，日寇投降後常來往于南京上海間，有緣在靜安寺拜谒大師，得灌頂傳法，賜法名“超蔭”。大師曾屢爲其指點迷津，諄諄戒導，切勿爲名利困擾，要發大悲心，有菩薩心腸，與人爲善，作到無我無相境界。所有這一切，使武桐荪一生受益。他一生雖曆經坎坷，但皆平安以度，清風兩袖，樂天知命，信爲大師教導之所賜，對大師之恩澤始終銘懷不忘，在大師晚年屢往探望，持松法師紀念堂建成後亦常前往參拜。
是年，德悟法師在靜安寺原山門之東，另建一座莊嚴的仿唐新山門，由鄧散木題額“靜安古寺”。
1946年，民國35年，丙戌，53歲
2月4日，圓瑛老法師于圓明講堂偶患中風。大師聞訊後，與應慈老和尚一同前去探望。
靜安寺方丈德悟法師在新山門前于經過疏浚的“天下第六泉”湧泉井欄一側，建成一座古印度阿育王式梵幢，作爲佛寺標志。新山門和阿育王式梵幢落成峻工時，適逢靜安佛教學院開學，乃于四月初八浴佛節舉行揭幕典禮，受聘爲佛教學院首任院長的太虛法師親臨主持剪彩，並拈香禮佛，歡喜贊歎。與會僧俗逾萬人，成爲當時滬上佛界一大盛事，盛況空前。
有弟子對算命看相類之宿命觀還未擺脫，對此，大師總是好言相勸，曰：此乃旁門小道，有人藉此糊口，不可上當。大師引《法苑珠林》語：“生老病死、吉凶禍福、貧病壽夭，是法爾之道不可避。此乃因緣果報使然，既來之則安之。”又開示雲：“止惡修善，經常檢查自己，勤求忏悔，正確對待才是。”並又教導：“隨緣了舊業，不再造新殃。”
7月31日，上海佛教界在靜安寺公墓爲圓寂的榮增堪布舉行茶毗大典，持松大師和大悲法師應邀主持。
11月11日(陰曆十月十八)，大師與中國佛學會杭州市分會同仁合影留念。是月，大師應中國佛學會杭州市分會的邀請，到杭州講經傳法，結緣灌頂。
鑒于余杭徑山寺(全稱徑山興聖萬壽禅寺)住持乏賢，日漸破落，杭州佛教界僧俗決定肯請…
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