引了解深密經來建立本識的異名阿陀那識，阿陀那的意義，也得解釋一下，所以論中複問：「何緣此識亦複說名阿陀那識」？「執受一切有色根故 [P43] ，一切自體取所依故」：阿陀那在本論的解釋上，有此執受色根和執取自體的兩個意義。
(一)執受色根義：「有色諸根」，就是眼耳鼻舌身的五色根。色根就是色根，爲什麼叫有色根呢？因爲根有二類：一有色的五根，二無色的意根；爲了簡別無色的意根，所以說有色。欲色界有情的生命活動，是由過去的業力所招感，特別在這五根上表現出來；(但生命的存在，不單是色根)。這生理機構的五根，所以能活潑潑地生存著，在一期壽命中繼續存在著，並且能引起覺受，都是「由此」阿陀那識在「執受」(執持)它，使之「無有失壞」；它才能「盡壽隨」本識的存在而「轉」起。如阿陀那不執受有色諸根，有情的生命立刻就要崩壞，成爲無生機的死屍。怎知道有它在執持呢？平常有知覺的活人，它的認識作用就是前六識，在悶絕熟睡等時候，這前六識要暫時宣告停頓，不起作用。但生命還是存在，身體是好好的，還有微細的精神覺受，與死人不同。這維持生存的微細精神作用，就是阿陀那識。所 [P44] 以說：阿陀那識和執受有著特深的關系。
(二)執持自體義：相續，是前一生命與後一生命的連接，這生命相續的主體，是阿陀那識；因此，它又名相續識。父精母血會合的時候，這相續的阿陀那識托之而起，所謂「叁事和合」，這就是一期生命的開始，所以叫做結生。在這「相續正結生時」，前一生命結束，後一生命繼續結生的當兒，在母胎中有『羯邏藍』就是父母精血的和合體；阿陀那攝「取彼生」命體，與彼和合，這就是有情一期生命的開始了。不但結生相續時如此，在一期生命中，也沒有一剎那不「執受」這名色「自體」的。因爲阿陀那中攝受一期自體的熏習，直到命終；所以也就攝受這一期的名色自體。
【附論】阿陀那，真谛譯爲『無解』，玄奘譯爲『執持』。成唯識論以執持、執受、執取叁義解釋它，唯識述記更嚴密的分析叁義的界線。其實未必盡然，如唯識述記說結生相續是執取義，但在本論則說結生相續是執受義。阿陀那，應簡單的譯作「取」，像十二緣起中的取，五取蘊的取 [P45] ，煩惱通名爲取的取，梵語都是阿波陀那(近取，即極取義)。取是攝取其它屬于自己，所以有攝它爲自體，與執取不失(持)的意思。因作用的不同，後人建立起執持、執取、執受等不同的名字。這阿陀那，在經論裏看起來，它與執受有特別的關系。它在攝取未來與攝持現在的生命，使有情成爲靈活的有機體中，表現了阿陀那特殊的功能，它與生命論有關。
丙 心教
一 引教 此亦名心，如世尊說：心意識叁。
阿賴耶不但名爲阿陀那，也可以叫做心，所以這裏特舉佛說爲證。這裏，雖引有「心意識」的「叁」法，主要的在證明心是阿賴耶識。
二 釋意
１ 釋二種意 此中意有二種：第一、與作等無間緣所依止性，無間滅識能與意識作生依止 [P46] 。第二、染汙意與四煩惱恒共相應：一者、薩迦耶見，二者、我慢，叁者、我愛，四者、無明：此即是識雜染所依。識複由彼第一依生，第二雜染；了別境義故。等無間義故，思量義故，意成二種。
證明心是阿賴耶，原應把心是阿賴耶的道理說明了就可以。但證實了意與識的各別有體，也可以間接的證知心與識不同，而這心就是阿賴耶識；所以現在先釋意。「意有二種」：一、無間滅意，二、染汙意。如次解釋于下：
(一)無間滅意：無間滅意，與俱舍等所說的沒有多大差別。「等」是前後齊等；「無間」是說前滅後生的過程中，沒有第叁者的間隔；「緣」是生起的條件和原因。據經上說：每一個心識的生起，都必定有它「所依止」的意根，在小乘薩婆多部等，就把它解作「無間滅識」。這無間滅去的前念意根，讓出個位子來，成爲後念生起之助緣，中間沒有任何一法間隔，這就叫等無間緣。等無間緣所生起的，本通于前六識，本論唯就意識說，但說「 [P47] 能與意識作生依止」。不但這裏，下文很多應該統指六識的地方，都但說意識。原來心意識叁法，在古代的譯本上，常是譯作『心意意識』的。意識和識，以乎不同。識，通指前六識；若說意識，這就單指第六意識了。其實不然，古譯所以譯作意識，意思說：眼等諸識，是意識的差別，都是從意根所生的識，其體是一，所以沒有列舉前五識的必要，並非單說六識中的第六識。本論說意識，是含有分別說者一意識的思想。
【附論】真谛把這段文，釋成兩個意：一無間滅意，二現在意。這解釋，在本論的體系上是不相符的，本論沒有發生這種見解的可能。但在另一方面說，現在意是有的。如說細心，就建立在這一點上。又如十八界，于六識外說有同時意界，這意界就是真谛說的現在意。但這又與染意混雜了。
(二)染汙意：這「染汙意」，從無始時來一直沒有轉依，它「與四煩惱恒共相應」。因爲恒時被這煩惱所染汙，所以就叫做染汙意。染汙與雜染 [P48] 不同：雜染通有漏叁性，染汙唯通叁性中的惡與有覆無記性。四煩惱就是：「一者薩迦耶見，二者我慢，叁者我愛，四者無明」。薩迦耶見，就是我見或身見，即對于五蘊和合的所依，本不是我的東西，由于錯誤的認識，妄執爲我。慢是恃己輕他的作用，因自己妄執有我，覺得自己比任何人都來得高超，因此目空一切，這叫我慢。然第六識相應的慢，對外淩他，比較容易明白；七識相應的慢，對內恃己，理解上要困難一點，它是因執持自我而自高舉的微細心理。愛是貪著，于自己所計著的我，深生耽著，把它當作可愛的東西，叫我愛。無明，成唯識論稱爲我癡，這不過是名字上的差別。無明就是不明，沒有認識正確，迷于無我真理。在這四種煩惱的作用中，以無明爲根本。因爲染汙意與無明相應，使我們的認識作用蒙昧不清。在內緣藏識的時候，現起一相、常相，把它誤認爲真我，這就是我見；由我見而生起自我的倨慢；又深深的愛著這我相。在未得無我智以前，這內我的染著，是無法解脫的。這與四煩惱相應的染汙意，執本識爲自我，因此，前六識所起的善 [P49] 心，受染汙意勢力的影響，也不得成爲清淨的無漏：所以它「即是」前六「識」的「雜染所依」。有的說：第七識是染淨依，在未轉依時，有染汙末那爲六識的雜染所依；轉依以後，轉爲出世清淨的末那，爲六識的清淨所依。這是主張有出世清淨末那的。本論但說它爲雜染所依，是否認出世清淨末那的。安慧論師說叁位無末那，就在末那唯爲雜染所依這一方面立說。
這二種意，都是與前六識有關，所以又論到六識。雜染的六識，必「由彼第一」等無間意爲所「依」止而「生」；由「第二」染汙意而成爲「雜染」。「了別境義」，這是解釋識的名義，以了別境界爲其自體，所以叫識。意，一方面有「等無間義」，爲後識生起所依止的無間滅意；一方面有「思量義」，就是與四煩惱相應而思量內我的染汙意。這樣，「意」就「成」爲「二種」了。
２ 染意存在之理證 複次，雲何得知有染汙意？謂此若無，不共無明則不得有，成過失故。又五 [P50] 同法亦不得有，成過失故。所以者何？以五識身必有眼等俱有依故。又訓釋詞亦不得有，成過失故。又無想定與滅盡定差別無有，成過失故。謂無想定染意所顯，非滅盡定；若不爾者，此二種定應無差別。又無想天一期生中，應無染汙成過失故，于中若無我執我慢。又一切時我執現行現可得故，謂善、不善、無記心中；若不爾者，唯不善心彼相應故，有我我所煩惱現行，非善無記。是故若立俱有現行，非相應現行，無此過失。
這科文，唐譯本有長行和偈頌兩段，魏譯只有偈頌沒有長行，陳譯和隋譯雖也有長行，但在世親釋論，只解釋頌文。所以，這長行怕本來是頌的腳注，而後人會入本論的。
兩種意中的無間滅意，是大小乘共認的，所以不成問題。第二染汙意，小乘中有根本否認的，所以論中提出「雲何得知有染汙意」的問題，特別拈出六種理由來證成。假使一定要否認它，便有六種過失。
(一)無不共無明的過失：不共無明是小乘所共許的，而這不共無明只 [P51] 能說是與染汙末那恒行相應。「若無」染汙意，「不共無明則不得有」。因爲五識是間斷的，不共無明是恒行的，不能相應。六識相應中有善心所，若不共無明恒與它相應，善心所就不能生起；在意識中，也不容許善惡二性同時存在。不共無明既不與前六識相應，那末，當然要有第七染汙意，爲恒行不共無明的所依。不共，是說它有一種特殊的功用，因爲它是流轉生死的根本，是使諸法真理不能顯現的最大障礙。世親說不共其余的煩惱叫不共；無性說不共其余諸識，唯在染汙意中，所以叫不共。這在理論上都有些困難，還是說它有一種特殊的作用，比較要圓滿些。
(二)無五同法喻的過失：經上說意識依意根，是用五識作同法喻的。前五識生起認識作用的時候，各有它的所依──五色根，那末，第六意識當然也同樣的要有它的所依，這就是染汙末那。假使沒有染汙意，第六意識的不共所依是什麼呢？以五識爲「同法」喻不是也「不得有」嗎？「五識身，必有眼等」五色根爲「俱有依」，並且還是不共所依；所以第六識，也非有 [P52] 俱有依，並且非不共的依根不可。無間滅意，不但是共的，也不俱有──根識同時，所以無間滅意不能爲後念意識的不共意根。因此，一定要有第七末那爲第六識的所依。
(叁)無訓釋詞的過失：經說：『心意識叁」，唯識學者是指第八賴耶，第七末那，和前六識說的。假使沒有第七末那，在「訓釋」名「詞」時，意…
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