引了解深密经来建立本识的异名阿陀那识，阿陀那的意义，也得解释一下，所以论中复问：「何缘此识亦复说名阿陀那识」？「执受一切有色根故 [P43] ，一切自体取所依故」：阿陀那在本论的解释上，有此执受色根和执取自体的两个意义。
(一)执受色根义：「有色诸根」，就是眼耳鼻舌身的五色根。色根就是色根，为什么叫有色根呢？因为根有二类：一有色的五根，二无色的意根；为了简别无色的意根，所以说有色。欲色界有情的生命活动，是由过去的业力所招感，特别在这五根上表现出来；(但生命的存在，不单是色根)。这生理机构的五根，所以能活泼泼地生存着，在一期寿命中继续存在着，并且能引起觉受，都是「由此」阿陀那识在「执受」(执持)它，使之「无有失坏」；它才能「尽寿随」本识的存在而「转」起。如阿陀那不执受有色诸根，有情的生命立刻就要崩坏，成为无生机的死尸。怎知道有它在执持呢？平常有知觉的活人，它的认识作用就是前六识，在闷绝熟睡等时候，这前六识要暂时宣告停顿，不起作用。但生命还是存在，身体是好好的，还有微细的精神觉受，与死人不同。这维持生存的微细精神作用，就是阿陀那识。所 [P44] 以说：阿陀那识和执受有着特深的关系。
(二)执持自体义：相续，是前一生命与后一生命的连接，这生命相续的主体，是阿陀那识；因此，它又名相续识。父精母血会合的时候，这相续的阿陀那识托之而起，所谓「三事和合」，这就是一期生命的开始，所以叫做结生。在这「相续正结生时」，前一生命结束，后一生命继续结生的当儿，在母胎中有『羯逻蓝』就是父母精血的和合体；阿陀那摄「取彼生」命体，与彼和合，这就是有情一期生命的开始了。不但结生相续时如此，在一期生命中，也没有一剎那不「执受」这名色「自体」的。因为阿陀那中摄受一期自体的熏习，直到命终；所以也就摄受这一期的名色自体。
【附论】阿陀那，真谛译为『无解』，玄奘译为『执持』。成唯识论以执持、执受、执取三义解释它，唯识述记更严密的分析三义的界线。其实未必尽然，如唯识述记说结生相续是执取义，但在本论则说结生相续是执受义。阿陀那，应简单的译作「取」，像十二缘起中的取，五取蕴的取 [P45] ，烦恼通名为取的取，梵语都是阿波陀那(近取，即极取义)。取是摄取其它属于自己，所以有摄它为自体，与执取不失(持)的意思。因作用的不同，后人建立起执持、执取、执受等不同的名字。这阿陀那，在经论里看起来，它与执受有特别的关系。它在摄取未来与摄持现在的生命，使有情成为灵活的有机体中，表现了阿陀那特殊的功能，它与生命论有关。
丙 心教
一 引教 此亦名心，如世尊说：心意识三。
阿赖耶不但名为阿陀那，也可以叫做心，所以这里特举佛说为证。这里，虽引有「心意识」的「三」法，主要的在证明心是阿赖耶识。
二 释意
１ 释二种意 此中意有二种：第一、与作等无间缘所依止性，无间灭识能与意识作生依止 [P46] 。第二、染污意与四烦恼恒共相应：一者、萨迦耶见，二者、我慢，三者、我爱，四者、无明：此即是识杂染所依。识复由彼第一依生，第二杂染；了别境义故。等无间义故，思量义故，意成二种。
证明心是阿赖耶，原应把心是阿赖耶的道理说明了就可以。但证实了意与识的各别有体，也可以间接的证知心与识不同，而这心就是阿赖耶识；所以现在先释意。「意有二种」：一、无间灭意，二、染污意。如次解释于下：
(一)无间灭意：无间灭意，与俱舍等所说的没有多大差别。「等」是前后齐等；「无间」是说前灭后生的过程中，没有第三者的间隔；「缘」是生起的条件和原因。据经上说：每一个心识的生起，都必定有它「所依止」的意根，在小乘萨婆多部等，就把它解作「无间灭识」。这无间灭去的前念意根，让出个位子来，成为后念生起之助缘，中间没有任何一法间隔，这就叫等无间缘。等无间缘所生起的，本通于前六识，本论唯就意识说，但说「 [P47] 能与意识作生依止」。不但这里，下文很多应该统指六识的地方，都但说意识。原来心意识三法，在古代的译本上，常是译作『心意意识』的。意识和识，以乎不同。识，通指前六识；若说意识，这就单指第六意识了。其实不然，古译所以译作意识，意思说：眼等诸识，是意识的差别，都是从意根所生的识，其体是一，所以没有列举前五识的必要，并非单说六识中的第六识。本论说意识，是含有分别说者一意识的思想。
【附论】真谛把这段文，释成两个意：一无间灭意，二现在意。这解释，在本论的体系上是不相符的，本论没有发生这种见解的可能。但在另一方面说，现在意是有的。如说细心，就建立在这一点上。又如十八界，于六识外说有同时意界，这意界就是真谛说的现在意。但这又与染意混杂了。
(二)染污意：这「染污意」，从无始时来一直没有转依，它「与四烦恼恒共相应」。因为恒时被这烦恼所染污，所以就叫做染污意。染污与杂染 [P48] 不同：杂染通有漏三性，染污唯通三性中的恶与有覆无记性。四烦恼就是：「一者萨迦耶见，二者我慢，三者我爱，四者无明」。萨迦耶见，就是我见或身见，即对于五蕴和合的所依，本不是我的东西，由于错误的认识，妄执为我。慢是恃己轻他的作用，因自己妄执有我，觉得自己比任何人都来得高超，因此目空一切，这叫我慢。然第六识相应的慢，对外凌他，比较容易明白；七识相应的慢，对内恃己，理解上要困难一点，它是因执持自我而自高举的微细心理。爱是贪着，于自己所计着的我，深生耽着，把它当作可爱的东西，叫我爱。无明，成唯识论称为我痴，这不过是名字上的差别。无明就是不明，没有认识正确，迷于无我真理。在这四种烦恼的作用中，以无明为根本。因为染污意与无明相应，使我们的认识作用蒙昧不清。在内缘藏识的时候，现起一相、常相，把它误认为真我，这就是我见；由我见而生起自我的倨慢；又深深的爱着这我相。在未得无我智以前，这内我的染着，是无法解脱的。这与四烦恼相应的染污意，执本识为自我，因此，前六识所起的善 [P49] 心，受染污意势力的影响，也不得成为清净的无漏：所以它「即是」前六「识」的「杂染所依」。有的说：第七识是染净依，在未转依时，有染污末那为六识的杂染所依；转依以后，转为出世清净的末那，为六识的清净所依。这是主张有出世清净末那的。本论但说它为杂染所依，是否认出世清净末那的。安慧论师说三位无末那，就在末那唯为杂染所依这一方面立说。
这二种意，都是与前六识有关，所以又论到六识。杂染的六识，必「由彼第一」等无间意为所「依」止而「生」；由「第二」染污意而成为「杂染」。「了别境义」，这是解释识的名义，以了别境界为其自体，所以叫识。意，一方面有「等无间义」，为后识生起所依止的无间灭意；一方面有「思量义」，就是与四烦恼相应而思量内我的染污意。这样，「意」就「成」为「二种」了。
２ 染意存在之理证 复次，云何得知有染污意？谓此若无，不共无明则不得有，成过失故。又五 [P50] 同法亦不得有，成过失故。所以者何？以五识身必有眼等俱有依故。又训释词亦不得有，成过失故。又无想定与灭尽定差别无有，成过失故。谓无想定染意所显，非灭尽定；若不尔者，此二种定应无差别。又无想天一期生中，应无染污成过失故，于中若无我执我慢。又一切时我执现行现可得故，谓善、不善、无记心中；若不尔者，唯不善心彼相应故，有我我所烦恼现行，非善无记。是故若立俱有现行，非相应现行，无此过失。
这科文，唐译本有长行和偈颂两段，魏译只有偈颂没有长行，陈译和隋译虽也有长行，但在世亲释论，只解释颂文。所以，这长行怕本来是颂的脚注，而后人会入本论的。
两种意中的无间灭意，是大小乘共认的，所以不成问题。第二染污意，小乘中有根本否认的，所以论中提出「云何得知有染污意」的问题，特别拈出六种理由来证成。假使一定要否认它，便有六种过失。
(一)无不共无明的过失：不共无明是小乘所共许的，而这不共无明只 [P51] 能说是与染污末那恒行相应。「若无」染污意，「不共无明则不得有」。因为五识是间断的，不共无明是恒行的，不能相应。六识相应中有善心所，若不共无明恒与它相应，善心所就不能生起；在意识中，也不容许善恶二性同时存在。不共无明既不与前六识相应，那末，当然要有第七染污意，为恒行不共无明的所依。不共，是说它有一种特殊的功用，因为它是流转生死的根本，是使诸法真理不能显现的最大障碍。世亲说不共其余的烦恼叫不共；无性说不共其余诸识，唯在染污意中，所以叫不共。这在理论上都有些困难，还是说它有一种特殊的作用，比较要圆满些。
(二)无五同法喻的过失：经上说意识依意根，是用五识作同法喻的。前五识生起认识作用的时候，各有它的所依──五色根，那末，第六意识当然也同样的要有它的所依，这就是染污末那。假使没有染污意，第六意识的不共所依是什么呢？以五识为「同法」喻不是也「不得有」吗？「五识身，必有眼等」五色根为「俱有依」，并且还是不共所依；所以第六识，也非有 [P52] 俱有依，并且非不共的依根不可。无间灭意，不但是共的，也不俱有──根识同时，所以无间灭意不能为后念意识的不共意根。因此，一定要有第七末那为第六识的所依。
(三)无训释词的过失：经说：『心意识三」，唯识学者是指第八赖耶，第七末那，和前六识说的。假使没有第七末那，在「训释」名「词」时，意…
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