萬曆四十叁年(1615)，蓮池完成了《竹窗叁筆》(收有隨筆一百二十五篇)，序中“雖東語西話，賓叩主酬，種種不一，要歸于整饬行門，平治心地而已”之語，道出了其振興佛法之悲願。
蓮池一生精修淨業，臨終因果相符，預知往生時至。半月前入城，辭別宋守一等弟子及故舊，曰：“吾將他往也。”衆人皆不知所以。回寺中設茶湯供養大衆，雲：“此處吾不住，將他往矣。”七月初叁晚，囑大衆曰：“我言衆不聽，我如風中燭，燈盡油幹矣，只待一撞一跌，才信我也，明日要遠行。”衆人懇請留世，蓮池作《叁可惜》、《十可歎》以警衆。次日，命執事清理庫房各項賬目，井井有條，無一未了。萬曆四十叁年七月初四夜[ 明鎮澄《五臺山志》、清彭希涑《淨土聖賢錄》載蓮池大師寂年爲萬曆四十年，然憨山《塔銘》、《補續高僧傳》卷五皆記載師生于嘉靖乙未年，入滅于萬曆乙卯年(萬曆四十叁年)，壽八十一。今以憨山《塔銘》爲准。陳垣先生在《釋氏疑年錄》(中華書局，1964，3，第371頁)卷十一“雲棲蓮池袾宏”條中說：“明萬曆四十叁年乙卯卒，年八十一(1535—1615)。續燈正統作萬曆庚辰卒，年八十，庚辰萬曆八年。又，湖 壖雜記作萬曆十叁年卒，龍威本、武林掌故本均如此。夫利瑪窦萬曆九年至中國，袾宏著天主尚在叁十八年利瑪窦既卒之後，則二書之誤顯然。今據德清撰塔銘，憨山集二七。”]，入方丈室，示微疾，禁一切飲食，瞑目無語。城中諸弟子趕到，哀懇求囑，蓮池張目開示：“老實念佛，勿捏怪，勿壞我規矩。”衆問：“誰可主叢林？”曰：“解行雙全者，無則姑依戒次。”[《古杭雲棲蓮池大師塔銘》，第5131頁]言訖，面西念佛，端坐而逝。面呈金黃色，鼻頭雙箸下垂，接唇而止，頭頂暖氣如生，逾時不散。世壽八十一，僧臘五十。八月，奉全身塔於寺左五雲山麓。
蓮池著作甚豐，主要有《阿彌陀經疏鈔》四卷、《梵網經戒疏發隱》五卷、《往生集》叁卷、《自知錄》上下、《缁門崇行錄》、《水陸儀軌》五卷、《禅關策進》前後二集、《竹窗隨筆》等叁十余種。弟子將其搜集整理，分爲釋經、輯古、手著叁類，總稱《雲棲法彙》。蓮池示寂後，刻入徑山藏。蓮池弟子蘊章智瑛禅師又刻雲棲版並行，後遭毀。同治年，如山重刻，後亦漸毀，住持源智補刻。光緒二十叁年(1897)，金陵刻經處別刻新版。現存有徑山藏本和如山、金陵本。徑山本手著已佚，如山本缺施食儀軌補注及手印，金陵本基本上較完善，現在通用的本子正是金陵刻經處重刻本。
第二章 蓮池大師的淨土思想
第一節 以戒爲基
戒律是佛教叢林僧伽生活的規範，明末佛教的衰微促使了戒律的複興運動。與明末諸宗融合、叁教合一的趨勢相一致，此時的戒律複興體現出圓融的思想特點。聖嚴法師總結，與唐宋戒律站在《四分律》的立場以律釋律的特征相比，明末的戒律思想有四種特色：一、菩薩戒及小乘律的並重。二、用華嚴宗、天臺宗和禅的觀點來解釋戒律思想。叁、可以用大小乘經論、祖師的著作，乃至世間的典籍來做爲解釋戒律的輔助資料。四、引用密咒作爲日常生活的修持。[ 釋聖嚴《明末中國的戒律複興》，傅傳勳主編《從傳統到現代——佛教倫理與現代社會》，臺北東大圖書公司，1990，10，第146頁] 因此，明末的戒律，出現了禅、教、律、淨一致，顯、密圓融的趨勢。他對蓮池之于戒律複興的貢獻評價頗高，將其列爲明末弘揚戒律的兩大系統(另一系爲古心如馨〈1541—1615〉)之一。兩大系統的分類顯然很有道理，以蓮池爲代表的一系，立足于大乘思想，倡導以戒爲基、禅律一致、淨律一體，旨在以戒律的規範性和功能性作用恢複僧團如法的律儀生活，並不止于恢複和再續律宗法脈；如馨一系，則立足于律學的立場，以弘揚戒律、中興律宗爲使命。第一代祖師如馨在1573—1619年間于南京靈谷寺開壇傳戒，第二代叁昧寂光(1580—1645)于南京寶華山開設律宗道場，第叁代見月讀體(1601—1679)銳意革新，再樹律宗法幢。[ 見月以後，各叢林寺院的授戒儀規，均以寶華山隆昌寺的《傳戒正範》爲藍本。聖嚴法師認爲，到現在爲止的中國戒律的傳承，多是從這個系統發展延伸出來。]這兩系對後世都有很大的影響。
蓮池出家後，在杭州昭慶律寺[ 宋代中興律宗的名師允堪(1005—1061)在杭州昭慶寺開壇度僧，弘揚南山律宗。允堪有弟子擇其，擇其弟子湛然元照(1048—1116)住持杭州靈芝寺叁十年。允堪、元照重振宗風，被列爲中國律宗祖師。元明之際，南山律宗法系傳承幾于無聞。]受具足戒，隨後進菩薩戒。他認爲，末法時期，“教網滅裂，禅道不明，衆生業深垢重，以醍醐貯穢器。”而“佛設叁學以化群生，戒爲基本。基不立，定慧何依。思行利導，必固根本。”[《古杭雲棲蓮池大師塔銘》，第5121頁]此時修行，必以戒律爲根本。因此，在弘法過程中，他非常重視戒律。蓮池的戒律思想具有以五戒爲根本、重視以菩提心爲基礎的大乘菩薩戒、並以淨土爲歸向的特點。
蓮池畢生弘揚淨土法門，非常重視有以福培慧作用的淨業助行——淨業叁福。淨業初福的內容，其實就是五戒“不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒”，與從五戒展開而來的十善“不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不兩舌、不惡口、不绮語、不貪、不瞋、不邪見”。十善是一切世出世間善的基礎，五戒則是一切戒律的基礎。對于持戒力較弱的末法行人來說，叁福中以五戒十善爲核心內容的淨業初福易于受持，因此，蓮池尤爲重視初福，刪定律儀，先止殺、盜、淫、妄之根本。沙彌、沙彌尼剃發須先受十戒，然後登壇受具足戒。爲使其行有所依，學有所歸，不至于“愚者茫乎不知，狂者忽而不學，便擬躐等，罔意高遠。”蓮池著《沙彌律儀要略》[ 見月律師弟子書玉在的《沙彌律儀要略述義》贊歎蓮池雲：“大師以《春秋》之才解戒相，用《禮記》之法而輯威儀。若非窮究經律，博通傳史者，則不能識其源委也。”]、《沙彌尼比丘尼戒錄要》，對沙彌戒、尼戒進行整理，並作了條目解釋，以此使“蒙學知所向方，好心出家者，切意遵行，慎勿違犯。然後近爲比丘戒之階梯，遠爲菩薩戒之根本。因戒生定，因定發慧，庶幾成就聖道，不負出家之志矣。”[《沙彌律儀要略》，第1917頁]對于出家比丘應持的比丘具足戒，若據四分律、五分律，各不下四、五十余卷，太過繁瑣。雖然譯者簡之而成戒本，然鈍根猶以爲繁，因此蓮池又在此基礎上略加刪定而成《具戒便蒙》，“其辭愈約，而其義則愈明矣。便初學故，非敢減損也。”[《具戒便蒙》，第1887頁]
明末佛教戒律複興的一個顯著特點，就是對菩薩戒的高度重視，蓮池以五戒爲根本，亦特別重視以大乘菩提心爲基礎、在家出家皆可受持的菩薩戒。《梵網經》與《華嚴經》相通，《華嚴經》是佛在菩提樹下成等正覺時頓說，《梵網經》乃佛成等正覺後在天上人間遍說，梵網指大梵天王因陀羅網，千重千光，不相隔礙，故以無量網目喻無量世界，一一世界各各不同，又喻佛教施設法門無量和十方菩薩依教修證參差無量。蓮池根據天臺智者的《梵網經心地品義疏》，著述《梵網經心地品義疏發隱》五卷，發揮其隱而未彰者，並著《戒疏事義》、《戒疏問辨》，目的在于發明梵網真意，激發行人的大乘菩提心，力圖攝戒歸淨。
一、大乘菩薩戒的超越性
在《戒疏發隱序》中，蓮池比較了聲聞戒與菩薩戒的區別：
一則清修外慎而身絕非爲，一則正觀內勤而心無慝念；一則守己便名無犯，澤匪旁兼，一則利他方表能持，道非有我；一則隨事設匡維之製，漸就良模，一則當時陳畫一之規，頓周善法；一則精嚴分齊、局爲僧尼，一則剖破藩蓠、統該缁素；一則依製止稱製止，遵故轍而明近功，一則即律儀而超律儀，運神機而樹偉績。[《具戒便蒙》，第1頁]
可以看出，與小乘聲聞戒相比，大乘菩薩戒具有很強的超越性：不僅止惡，且勤修六度、廣作諸善；以大乘菩提心爲基礎，以上求佛道、下化衆生爲根本目標；適用對象廣，爲出家、在家佛弟子共同受持；雖亦有戒相，但不拘泥于戒相，持戒重在把握精神。
再從內容上看，菩薩戒由十重四十八輕戒組成，又可分類概括爲叁聚戒：攝律儀戒，即持戒防非止惡；攝善法戒，即發大菩提心，在諸惡不行的基礎上勤修諸善；攝衆生戒，即慈悲喜舍，廣度一切衆生，令其得安樂。因爲菩薩戒具有如此滅惡、生善、度生的殊勝功用，蓮池盛贊其爲一切戒之歸宿，是趨向成佛極果之勝因，“故知欲入如來乘，必應先受菩薩戒。由此戒而發舒萬行，則普賢願王。由此戒而廓徹孤明，則文殊智母。諸佛所同揚之標幟，千賢所共履之康莊，大哉菩薩戒也。其一切戒之宗欤。”[《具戒便蒙》，第3頁]
由上可知，以大乘菩提心爲基礎的菩薩戒，實乃行人修菩薩行、自利利他、共成佛道的根本依據。再者，梵網菩薩戒總括出家、在家各式生活威儀，涉及到社會各個層面方方面面的問題，並具有很強的包融性與適應性。因此，蓮池以菩薩戒爲大乘行者之必修，希冀梵網菩薩戒本得以流通，行人能夠授受，“各各悟惟心之佛，而恒以戒攝心，人人了是佛之生，而竟以生成佛。若僧若俗，是人是神，不簡惡道幽途，無論異形殊類，但知聞法，齊登梵網法門，凡厥有心，盡入舍那心地雲爾。”[《戒疏發隱序》，第4頁]
二、非善非惡與止惡行善
戒與善有不同之處：行善之人未必止惡，止惡之人未必行善，戒則不然，持戒之人則是止惡、行善並行。戒律的根本精神，其實就是佛法的根本精神：“諸惡莫作，衆善奉行；自淨其意，是諸佛教。”蓮池認爲，此大乘…
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