万历四十三年(1615)，莲池完成了《竹窗三笔》(收有随笔一百二十五篇)，序中“虽东语西话，宾叩主酬，种种不一，要归于整饬行门，平治心地而已”之语，道出了其振兴佛法之悲愿。
莲池一生精修净业，临终因果相符，预知往生时至。半月前入城，辞别宋守一等弟子及故旧，曰：“吾将他往也。”众人皆不知所以。回寺中设茶汤供养大众，云：“此处吾不住，将他往矣。”七月初三晚，嘱大众曰：“我言众不听，我如风中烛，灯尽油干矣，只待一撞一跌，才信我也，明日要远行。”众人恳请留世，莲池作《三可惜》、《十可叹》以警众。次日，命执事清理库房各项账目，井井有条，无一未了。万历四十三年七月初四夜[ 明镇澄《五台山志》、清彭希涑《净土圣贤录》载莲池大师寂年为万历四十年，然憨山《塔铭》、《补续高僧传》卷五皆记载师生于嘉靖乙未年，入灭于万历乙卯年(万历四十三年)，寿八十一。今以憨山《塔铭》为准。陈垣先生在《释氏疑年录》(中华书局，1964，3，第371页)卷十一“云棲莲池袾宏”条中说：“明万历四十三年乙卯卒，年八十一(1535—1615)。续灯正统作万历庚辰卒，年八十，庚辰万历八年。又，湖 壖杂记作万历十三年卒，龙威本、武林掌故本均如此。夫利玛窦万历九年至中国，袾宏著天主尚在三十八年利玛窦既卒之后，则二书之误显然。今据德清撰塔铭，憨山集二七。”]，入方丈室，示微疾，禁一切饮食，瞑目无语。城中诸弟子赶到，哀恳求嘱，莲池张目开示：“老实念佛，勿捏怪，勿坏我规矩。”众问：“谁可主丛林？”曰：“解行双全者，无则姑依戒次。”[《古杭云棲莲池大师塔铭》，第5131页]言讫，面西念佛，端坐而逝。面呈金黄色，鼻头双箸下垂，接唇而止，头顶暖气如生，逾时不散。世寿八十一，僧腊五十。八月，奉全身塔於寺左五云山麓。
莲池著作甚丰，主要有《阿弥陀经疏钞》四卷、《梵網经戒疏发隐》五卷、《往生集》三卷、《自知录》上下、《缁门崇行录》、《水陆仪轨》五卷、《禅关策进》前后二集、《竹窗随笔》等三十余种。弟子将其搜集整理，分为释经、辑古、手著三类，总称《云棲法汇》。莲池示寂后，刻入径山藏。莲池弟子蕴章智瑛禅师又刻云棲版并行，后遭毁。同治年，如山重刻，后亦渐毁，住持源智补刻。光绪二十三年(1897)，金陵刻经处别刻新版。现存有径山藏本和如山、金陵本。径山本手著已佚，如山本缺施食仪轨补注及手印，金陵本基本上较完善，现在通用的本子正是金陵刻经处重刻本。
第二章 莲池大师的净土思想
第一节 以戒为基
戒律是佛教丛林僧伽生活的规范，明末佛教的衰微促使了戒律的复兴运动。与明末诸宗融合、三教合一的趋势相一致，此时的戒律复兴体现出圆融的思想特点。圣严法师总结，与唐宋戒律站在《四分律》的立场以律释律的特征相比，明末的戒律思想有四种特色：一、菩萨戒及小乘律的并重。二、用华严宗、天台宗和禅的观点来解释戒律思想。三、可以用大小乘经论、祖师的著作，乃至世间的典籍来做为解释戒律的辅助资料。四、引用密咒作为日常生活的修持。[ 释圣严《明末中国的戒律复兴》，傅传勋主编《从传统到现代——佛教伦理与现代社会》，台北东大图书公司，1990，10，第146页] 因此，明末的戒律，出现了禅、教、律、净一致，显、密圆融的趋势。他对莲池之于戒律复兴的贡献评价颇高，将其列为明末弘扬戒律的两大系统(另一系为古心如馨〈1541—1615〉)之一。两大系统的分类显然很有道理，以莲池为代表的一系，立足于大乘思想，倡导以戒为基、禅律一致、净律一体，旨在以戒律的规范性和功能性作用恢复僧团如法的律仪生活，并不止于恢复和再续律宗法脉；如馨一系，则立足于律学的立场，以弘扬戒律、中兴律宗为使命。第一代祖师如馨在1573—1619年间于南京灵谷寺开坛传戒，第二代三昧寂光(1580—1645)于南京宝华山开设律宗道场，第三代见月读体(1601—1679)锐意革新，再树律宗法幢。[ 见月以后，各丛林寺院的授戒仪规，均以宝华山隆昌寺的《传戒正范》为蓝本。圣严法师认为，到现在为止的中国戒律的传承，多是从这个系统发展延伸出来。]这两系对后世都有很大的影响。
莲池出家后，在杭州昭庆律寺[ 宋代中兴律宗的名师允堪(1005—1061)在杭州昭庆寺开坛度僧，弘扬南山律宗。允堪有弟子择其，择其弟子湛然元照(1048—1116)住持杭州灵芝寺三十年。允堪、元照重振宗风，被列为中国律宗祖师。元明之际，南山律宗法系传承几于无闻。]受具足戒，随后进菩萨戒。他认为，末法时期，“教网灭裂，禅道不明，众生业深垢重，以醍醐贮秽器。”而“佛设三学以化群生，戒为基本。基不立，定慧何依。思行利导，必固根本。”[《古杭云棲莲池大师塔铭》，第5121页]此时修行，必以戒律为根本。因此，在弘法过程中，他非常重视戒律。莲池的戒律思想具有以五戒为根本、重视以菩提心为基础的大乘菩萨戒、并以净土为归向的特点。
莲池毕生弘扬净土法门，非常重视有以福培慧作用的净业助行——净业三福。净业初福的内容，其实就是五戒“不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒”，与从五戒展开而来的十善“不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不两舌、不恶口、不绮语、不贪、不瞋、不邪见”。十善是一切世出世间善的基础，五戒则是一切戒律的基础。对于持戒力较弱的末法行人来说，三福中以五戒十善为核心内容的净业初福易于受持，因此，莲池尤为重视初福，删定律仪，先止杀、盗、淫、妄之根本。沙弥、沙弥尼剃发须先受十戒，然后登坛受具足戒。为使其行有所依，学有所归，不至于“愚者茫乎不知，狂者忽而不学，便拟躐等，罔意高远。”莲池著《沙弥律仪要略》[ 见月律师弟子书玉在的《沙弥律仪要略述义》赞叹莲池云：“大师以《春秋》之才解戒相，用《礼记》之法而辑威仪。若非穷究经律，博通传史者，则不能识其源委也。”]、《沙弥尼比丘尼戒录要》，对沙弥戒、尼戒进行整理，并作了条目解释，以此使“蒙学知所向方，好心出家者，切意遵行，慎勿违犯。然后近为比丘戒之阶梯，远为菩萨戒之根本。因戒生定，因定发慧，庶几成就圣道，不负出家之志矣。”[《沙弥律仪要略》，第1917页]对于出家比丘应持的比丘具足戒，若据四分律、五分律，各不下四、五十余卷，太过繁琐。虽然译者简之而成戒本，然钝根犹以为繁，因此莲池又在此基础上略加删定而成《具戒便蒙》，“其辞愈约，而其义则愈明矣。便初学故，非敢减损也。”[《具戒便蒙》，第1887页]
明末佛教戒律复兴的一个显著特点，就是对菩萨戒的高度重视，莲池以五戒为根本，亦特别重视以大乘菩提心为基础、在家出家皆可受持的菩萨戒。《梵网经》与《华严经》相通，《华严经》是佛在菩提树下成等正觉时顿说，《梵网经》乃佛成等正觉后在天上人间遍说，梵网指大梵天王因陀罗网，千重千光，不相隔碍，故以无量网目喻无量世界，一一世界各各不同，又喻佛教施设法门无量和十方菩萨依教修证参差无量。莲池根据天台智者的《梵网经心地品义疏》，著述《梵网经心地品义疏发隐》五卷，发挥其隐而未彰者，并著《戒疏事义》、《戒疏问辨》，目的在于发明梵网真意，激发行人的大乘菩提心，力图摄戒归净。
一、大乘菩萨戒的超越性
在《戒疏发隐序》中，莲池比较了声闻戒与菩萨戒的区别：
一则清修外慎而身绝非为，一则正观内勤而心无慝念；一则守己便名无犯，泽匪旁兼，一则利他方表能持，道非有我；一则随事设匡维之制，渐就良模，一则当时陈画一之规，顿周善法；一则精严分齐、局为僧尼，一则剖破藩蓠、统该缁素；一则依制止称制止，遵故辙而明近功，一则即律仪而超律仪，运神机而树伟绩。[《具戒便蒙》，第1页]
可以看出，与小乘声闻戒相比，大乘菩萨戒具有很强的超越性：不仅止恶，且勤修六度、广作诸善；以大乘菩提心为基础，以上求佛道、下化众生为根本目标；适用对象广，为出家、在家佛弟子共同受持；虽亦有戒相，但不拘泥于戒相，持戒重在把握精神。
再从内容上看，菩萨戒由十重四十八轻戒组成，又可分类概括为三聚戒：摄律仪戒，即持戒防非止恶；摄善法戒，即发大菩提心，在诸恶不行的基础上勤修诸善；摄众生戒，即慈悲喜舍，广度一切众生，令其得安乐。因为菩萨戒具有如此灭恶、生善、度生的殊胜功用，莲池盛赞其为一切戒之归宿，是趋向成佛极果之胜因，“故知欲入如来乘，必应先受菩萨戒。由此戒而发舒万行，则普贤愿王。由此戒而廓彻孤明，则文殊智母。诸佛所同扬之标帜，千贤所共履之康庄，大哉菩萨戒也。其一切戒之宗欤。”[《具戒便蒙》，第3页]
由上可知，以大乘菩提心为基础的菩萨戒，实乃行人修菩萨行、自利利他、共成佛道的根本依据。再者，梵网菩萨戒总括出家、在家各式生活威仪，涉及到社会各个层面方方面面的问题，并具有很强的包融性与适应性。因此，莲池以菩萨戒为大乘行者之必修，希冀梵网菩萨戒本得以流通，行人能够授受，“各各悟惟心之佛，而恒以戒摄心，人人了是佛之生，而竟以生成佛。若僧若俗，是人是神，不简恶道幽途，无论异形殊类，但知闻法，齐登梵网法门，凡厥有心，尽入舍那心地云尔。”[《戒疏发隐序》，第4页]
二、非善非恶与止恶行善
戒与善有不同之处：行善之人未必止恶，止恶之人未必行善，戒则不然，持戒之人则是止恶、行善并行。戒律的根本精神，其实就是佛法的根本精神：“诸恶莫作，众善奉行；自净其意，是诸佛教。”莲池认为，此大乘…
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