..續本文上一頁而未達是心作佛，是心是佛，但以決志願求生故，如子憶母，無時暫忘。理持者，信西方阿彌陀佛，是我心具，是我心造。即以自心所具所造洪名，爲系心之境，令不暫忘也。……不論事持理持，持至伏除煩惱，乃至見思先盡，皆事一心。不論事持理持，持至心開見本性佛，皆理一心。事一心不爲見思所亂，理一心不爲二邊所亂。[《阿彌陀經要解》，第85頁]
之所以有诠釋上的區別，聖嚴法師認爲，蓮池以禅者的立場弘揚淨土，重視定慧均等的修持法，故將事持釋爲但持彌陀名號，不作觀想。將理持的程度，提至事持之上，除了持名，尚得提起內觀內審的“體究”之法，究此能念的我及所念的佛之本體是什麼？用此方法，既屬淨土行者的持名，又似禅者參話頭。目的在于肯定禅法的功能，攝收禅者歸向淨土，稱爲禅淨雙修。至于蕅益，“所說的事持是指在理路的信念上，尚未到達“是心作佛，是心是佛”的程度者，以爲我能念佛，念的是自心之外的西方阿彌陀佛，所以如迷失的幼兒，憶念母親，呼喚母親，等待母親來迎救援。理持則此念佛之人，已知能念的心及所念的彼佛本是同體，只是尚未現證同體的經驗，所以假佛的名號，系念不已。雖只是系念佛號，卻已心系于佛，心向于佛，心應于佛。若此念佛之心不亂不散，不改不變，此心即是佛心佛土，所以不必另用參究的方法了。”[《明末佛教研究》，釋聖嚴著，臺北：東初出版社，1981年，第167頁]出于應機的不同，蓮池、蕅益從不同角度闡釋了事持、理持，但是在對事持、理持的結果——事、理一心不亂的界定上並無矛盾，蕅益本人的一段言論也證明了這一點：
雲棲大師發揮念佛法門曰：有事一心不亂、理一心不亂。說者謂持名號是事一心，參“誰”字是理一心，亦何訛也。夫事一心者，曆曆分明，不昏不散是也。理一心者，默契無生，洞明自性是也。是參時話頭純熟，猶屬事門。念時心佛兩忘，即歸理域。安得事獨指念，理獨指參也。又參“誰”字，謂之究理則可，謂理一心不可。然非其人，即究理亦未可輕易，何以故？事有挾理之功，理無只立之能，幸審思之。[《梵室偶談》，《靈峰宗論》卷四之叁，第175頁]
事實上，蓮池歸體究于理一心的目的，是要藉此理之一心倡導禅淨同歸說(理一心即爲達摩直指之禅)，然並不否定持名能達到理一心。他說：
此恐僅能事念者，自疑理性不明，所爲無益。故言事得通理，以決其疑。《大勢至·圓通章》雲：“不假方便，自得心開。”空谷雲：“不參念佛是誰，直爾純一念去，亦有悟日。”是也。[《彌陀疏鈔》卷叁，第1247頁]
可見，無論持名或是體究，二大師皆以伏妄然未見道、有定無慧爲事一心，以伏妄且破妄、定慧雙得爲理一心，體現出內在理路的根本一致。
第五節 淨土修學之製度保證——雲棲規約
佛陀時代的戒律，是在當時印度特定的曆史地理環境下製定的，具有很強的時代性與地域性。佛教戒律傳到中國，便存在與中國社會不完全相適應的問題。唐代時，百丈懷海(720—814)禅師因“禅宗肇自少室，至曹溪以來，多居律寺，雖列別院落，然于說法住持，未合規度，故常爾介懷。”于是因應禅門特殊的教育手法之需，博約折中佛教大小乘戒律[ 百丈清規本著與印度大小乘戒律不一(因應中國國情)不異(與戒律精神一致)的原則而定，即不取印度大小乘律之浩博，也不取太過簡約的傳統思維，而是取博約之中道。百丈曰：“吾所宗，非局大小乘，非異大小乘，當博約折中，設于製範，務其宜也。”(見楊億序文)南懷瑾認爲，百丈清規“在形式上，固然是一種佛教僧衆的集團，然在精神上，它是融合禮樂的真義，和佛教戒律的典型。”]，糅和儒家忠孝倫常思想，創立了禅院製度，謂之《禅門規式》(後式稱爲《百丈清規》)。百丈原始清規早已失傳，從現存北宋翰林學士楊億所作序文來看，清規的內容簡樸有序，包括生活、勞動、修行等日常行儀的各個方面：
所裒學衆，無多少，無高下，盡入僧堂，依夏次安排；設長連床，施椸架，挂褡道具。臥必斜枕床唇：右脅吉祥睡者，以其坐禅既久，略偃息而已，具四威儀也；除入室請益，任學者勤怠，或下或上，不拘常准。其合院大衆，朝參夕取勝，長者上堂、升座，主事徒衆，雁立側聆。賓主問酬，激揚宗要者，示依法而住也。齋粥隨宜，二時均遍者，務于節儉，表法食雙運也；行普請法，上下均力也；置十務寮舍，每用首領一人，管多人營事，令各司其局也。[ 楊億《百丈清規序》，收于《敕修百丈清規》中，《卍續藏經》第111冊，第 574 頁]
序文還指出了製定清規之目的有四：“一、不汙清衆，生恭信故。二、不毀僧形，循佛製故。叁、不擾公門，省獄訟故。四、不泄于外，護宗綱故。”[ 楊億《百丈清規序》，收于《敕修百丈清規》中，《卍續藏經》第111冊，第 574 頁]
百丈禅師“農禅並舉”等的改製，使佛教適應了農耕傳統的中國社會，對後世産生了很深的影響。其後，又有《禅苑清規》十卷(北宋崇甯二年，1103年)、《叢林校定清規總要》二卷(又稱《鹹淳清規》，南宋鹹淳十年，1274年)、《禅林備用清規》(又稱《至大清規》，元至大四年，1311年)行世。元順帝至元年間(1335—1340年)，百丈山德輝禅師在以上叁種清規的基礎上，奉敕編修了百丈清規八卷。並由朝廷頒布，在全國各寺院執行。到了明朝，屢次下敕諸山僧人若不依此清規者，就以法律繩之。之後，《敕修百丈清規》便成爲天下叢林共同遵守的基本規章製度。
清規本是戒律適應中國具體國情的變通方式，其本意是要約束僧衆，使其安心辦道。然而，後修清規在因應時勢的過程中，無論從內容到精神，都與百丈古清規相去漸遠。蓮池認爲，百丈古清規中，課誦送亡，無不指歸淨土，後世增廣之清規卻改變了此一成法，且過于龐雜繁瑣[ 《百丈清規》在某種程度上反映了晚唐文化的特性，《敕修百丈清規》則是元代社會的産物，共分祝厘、報恩、報本、尊祖、住持、兩序、大衆、節臘、法器九章。前四章說忠說孝的內容是古清規中所沒有的。其以皇帝生日、皇後千秋等忠孝內容爲清規之先，體現出對世俗社會的依附。後五章是寺院生活的基本規範。]，並不適于建立合理的叢林生活：
因上喪製，知清規一書後人增廣，非百丈所作也。百丈爲曹溪四世嫡孫，其喪製何由不率乃祖攸行，而變其成法乎。蓋建立叢林，使一衆有所約束，則自百丈始耳。至于製度之冗繁，節文之細瑣，使人仆仆爾，碌碌爾，日不暇給，更何從得省緣省事，而悉心窮究此道也。故曰後人好事者爲之，非百丈意也。[ 《百丈清規》，《竹窗叁筆》，第4060頁。蕅益對此也頗有微詞，近代中興律宗的弘一大師更曰：“百丈于唐時編纂此書，其後屢經他人增刪，至元朝改變尤多。本來面目，殆不可見，故蓮池、蕅益大師力诋斥之。蓮池大師之說，今未及檢錄，唯錄蕅益大師之說如下：“正法滅壞，全由律學不明。百丈清規，久失原作本意，並是元朝流俗僧官住持，杜撰增飾，文理不通。今人有奉行者，皆因未律學故也。”又雲：“非佛所製，便名非法，如元朝附會百丈清規等。”又雲：“百丈清規，元朝世谛住持穿鑿，尢爲可恥。”按律宗諸書，浩如煙海。吾人盡形學之，尚苦力有未及。即百丈原本今仍存在，亦可不須閱讀，況僞本乎？今宜以蓮池、蕅益諸大師之言，傳示道侶可也。”“僞清規一日存在，佛教亦一日無改良之望也。”(《南山律苑文集·問答十章》，見《弘一大師法集》(叁)，蔡念生彙編，新文豐出版公司，第28頁)]
明末佛教叢林清規幾近無存，圓澄即在《慨古錄》中慨歎：“去古日遠，叢林之規掃地盡矣。佛日將沈，僧寶殆滅。”所以，明末佛教的叢林改革運動中，恢複和重建清規製度，乃是當務之急。致力于中興曹溪祖庭的憨山德清，便對叢林寺院進行了諸多方面的整頓，其創製的《清規條例》、《曹溪寶林禅堂十方常住清規》，從製度上保障了寺院的生活、修行各方面的有效運轉。真可弟子密藏道開，也製定有《楞嚴寺規約》。
雲棲寺成立初始，蓮池並未刻意建立大的叢林[ 蓮池在《竹窗隨筆·建立叢林》(《全集》第3672頁)中說：“叢林爲衆，固是美事。然須己事已辦而後爲之。不然，或煩勞神志，或耽著世緣，致令未有所得者望洋而終，已有所得者中道而廢。予興複雲棲，事事皆出勢所自迫而後動作，曾不強爲，而亦所損于己不少，況盡心力而求之乎。書此自警，並以告夫來者。”]。隨著雲棲道風日播，前來受教及受戒者絡繹不絕，雲棲寺漸成明末一大叢林。有鑒于後修清規的不合理，在多年經驗積累的基礎上，蓮池另立道場規範，製定了周詳、嚴明的《雲棲共住規約》。
《雲棲規約》分上集、下集、別集、附集叁個部分。上集對雲棲寺上院殿堂及下院等場所的行事、管理原則做出了具體規定。其中，大堂主念佛、禮誦等修行事儀(叢林修持之中心)，西堂是安排他寺前任住持、長老等客衆，律堂主受戒、誦戒，法堂主講經說法(叢林教育中心)，老堂安頓七十以上老僧，病堂安置生病僧人，各房爲一般僧人居住的地方，下院包括上方(安頓擔力兼護持生物)、長壽(專爲放生)兩處放生池及梵村靜室(專爲出入往來安頓米糧等物)、天池山(專爲柴蔬)。
下集對寺中各方面具體事務作出規定：“直院事宜”，規定直院的産生與職責；“額定人數”，規定各堂人數；“節省財費”，規定尋常日用節儉事宜；“出應期會”，規定入山講經及應請講經之事宜；“暫到客衆”，規定臨時過往挂單僧人的接待事宜；“外住法眷”，對住在雲棲寺以外的寺中僧人的規定；“十方雲水”，規定如何接待外來…
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