..续本文上一页而未达是心作佛，是心是佛，但以决志愿求生故，如子忆母，无时暂忘。理持者，信西方阿弥陀佛，是我心具，是我心造。即以自心所具所造洪名，为系心之境，令不暂忘也。……不论事持理持，持至伏除烦恼，乃至见思先尽，皆事一心。不论事持理持，持至心开见本性佛，皆理一心。事一心不为见思所乱，理一心不为二边所乱。[《阿弥陀经要解》，第85页]
之所以有诠释上的区别，圣严法师认为，莲池以禅者的立场弘扬净土，重视定慧均等的修持法，故将事持释为但持弥陀名号，不作观想。将理持的程度，提至事持之上，除了持名，尚得提起内观内审的“体究”之法，究此能念的我及所念的佛之本体是什么？用此方法，既属净土行者的持名，又似禅者参话头。目的在于肯定禅法的功能，摄收禅者归向净土，称为禅净双修。至于蕅益，“所说的事持是指在理路的信念上，尚未到达“是心作佛，是心是佛”的程度者，以为我能念佛，念的是自心之外的西方阿弥陀佛，所以如迷失的幼儿，忆念母亲，呼唤母亲，等待母亲来迎救援。理持则此念佛之人，已知能念的心及所念的彼佛本是同体，只是尚未现证同体的经验，所以假佛的名号，系念不已。虽只是系念佛号，却已心系于佛，心向于佛，心应于佛。若此念佛之心不乱不散，不改不变，此心即是佛心佛土，所以不必另用参究的方法了。”[《明末佛教研究》，释圣严著，台北：东初出版社，1981年，第167页]出于应机的不同，莲池、蕅益从不同角度阐释了事持、理持，但是在对事持、理持的结果——事、理一心不乱的界定上并无矛盾，蕅益本人的一段言论也证明了这一点：
云棲大师发挥念佛法门曰：有事一心不乱、理一心不乱。说者谓持名号是事一心，参“谁”字是理一心，亦何讹也。夫事一心者，历历分明，不昏不散是也。理一心者，默契无生，洞明自性是也。是参时话头纯熟，犹属事门。念时心佛两忘，即归理域。安得事独指念，理独指参也。又参“谁”字，谓之究理则可，谓理一心不可。然非其人，即究理亦未可轻易，何以故？事有挟理之功，理无只立之能，幸审思之。[《梵室偶谈》，《灵峰宗论》卷四之三，第175页]
事实上，莲池归体究于理一心的目的，是要藉此理之一心倡导禅净同归说(理一心即为达摩直指之禅)，然并不否定持名能达到理一心。他说：
此恐仅能事念者，自疑理性不明，所为无益。故言事得通理，以决其疑。《大势至·圆通章》云：“不假方便，自得心开。”空谷云：“不参念佛是谁，直尔纯一念去，亦有悟日。”是也。[《弥陀疏钞》卷三，第1247页]
可见，无论持名或是体究，二大师皆以伏妄然未见道、有定无慧为事一心，以伏妄且破妄、定慧双得为理一心，体现出内在理路的根本一致。
第五节 净土修学之制度保证——云棲规约
佛陀时代的戒律，是在当时印度特定的历史地理环境下制定的，具有很强的时代性与地域性。佛教戒律传到中国，便存在与中国社会不完全相适应的问题。唐代时，百丈怀海(720—814)禅师因“禅宗肇自少室，至曹溪以来，多居律寺，虽列别院落，然于说法住持，未合规度，故常尔介怀。”于是因应禅门特殊的教育手法之需，博约折中佛教大小乘戒律[ 百丈清规本着与印度大小乘戒律不一(因应中国国情)不异(与戒律精神一致)的原则而定，即不取印度大小乘律之浩博，也不取太过简约的传统思维，而是取博约之中道。百丈曰：“吾所宗，非局大小乘，非异大小乘，当博约折中，设于制范，务其宜也。”(见杨亿序文)南怀瑾认为，百丈清规“在形式上，固然是一种佛教僧众的集团，然在精神上，它是融合礼乐的真义，和佛教戒律的典型。”]，糅和儒家忠孝伦常思想，创立了禅院制度，谓之《禅门规式》(后式称为《百丈清规》)。百丈原始清规早已失传，从现存北宋翰林学士杨亿所作序文来看，清规的内容简朴有序，包括生活、劳动、修行等日常行仪的各个方面：
所裒学众，无多少，无高下，尽入僧堂，依夏次安排；设长连床，施椸架，挂褡道具。卧必斜枕床唇：右胁吉祥睡者，以其坐禅既久，略偃息而已，具四威仪也；除入室请益，任学者勤怠，或下或上，不拘常准。其合院大众，朝参夕取胜，长者上堂、升座，主事徒众，雁立侧聆。宾主问酬，激扬宗要者，示依法而住也。斋粥随宜，二时均遍者，务于节俭，表法食双运也；行普请法，上下均力也；置十务寮舍，每用首领一人，管多人营事，令各司其局也。[ 杨亿《百丈清规序》，收于《敕修百丈清规》中，《卍续藏经》第111册，第 574 页]
序文还指出了制定清规之目的有四：“一、不污清众，生恭信故。二、不毁僧形，循佛制故。三、不扰公门，省狱讼故。四、不泄于外，护宗纲故。”[ 杨亿《百丈清规序》，收于《敕修百丈清规》中，《卍续藏经》第111册，第 574 页]
百丈禅师“农禅并举”等的改制，使佛教适应了农耕传统的中国社会，对后世产生了很深的影响。其后，又有《禅苑清规》十卷(北宋崇宁二年，1103年)、《丛林校定清规总要》二卷(又称《咸淳清规》，南宋咸淳十年，1274年)、《禅林备用清规》(又称《至大清规》，元至大四年，1311年)行世。元顺帝至元年间(1335—1340年)，百丈山德辉禅师在以上三种清规的基础上，奉敕编修了百丈清规八卷。并由朝廷颁布，在全国各寺院执行。到了明朝，屡次下敕诸山僧人若不依此清规者，就以法律绳之。之后，《敕修百丈清规》便成为天下丛林共同遵守的基本规章制度。
清规本是戒律适应中国具体国情的变通方式，其本意是要约束僧众，使其安心办道。然而，后修清规在因应时势的过程中，无论从内容到精神，都与百丈古清规相去渐远。莲池认为，百丈古清规中，课诵送亡，无不指归净土，后世增广之清规却改变了此一成法，且过于庞杂繁琐[ 《百丈清规》在某种程度上反映了晚唐文化的特性，《敕修百丈清规》则是元代社会的产物，共分祝厘、报恩、报本、尊祖、住持、两序、大众、节腊、法器九章。前四章说忠说孝的内容是古清规中所没有的。其以皇帝生日、皇后千秋等忠孝内容为清规之先，体现出对世俗社会的依附。后五章是寺院生活的基本规范。]，并不适于建立合理的丛林生活：
因上丧制，知清规一书后人增广，非百丈所作也。百丈为曹溪四世嫡孙，其丧制何由不率乃祖攸行，而变其成法乎。盖建立丛林，使一众有所约束，则自百丈始耳。至于制度之冗繁，节文之细琐，使人仆仆尔，碌碌尔，日不暇给，更何从得省缘省事，而悉心穷究此道也。故曰后人好事者为之，非百丈意也。[ 《百丈清规》，《竹窗三笔》，第4060页。蕅益对此也颇有微词，近代中兴律宗的弘一大师更曰：“百丈于唐时编纂此书，其后屡经他人增删，至元朝改变尤多。本来面目，殆不可见，故莲池、蕅益大师力诋斥之。莲池大师之说，今未及检录，唯录蕅益大师之说如下：“正法灭坏，全由律学不明。百丈清规，久失原作本意，并是元朝流俗僧官住持，杜撰增饰，文理不通。今人有奉行者，皆因未律学故也。”又云：“非佛所制，便名非法，如元朝附会百丈清规等。”又云：“百丈清规，元朝世谛住持穿凿，尢为可耻。”按律宗诸书，浩如烟海。吾人尽形学之，尚苦力有未及。即百丈原本今仍存在，亦可不须阅读，况伪本乎？今宜以莲池、蕅益诸大师之言，传示道侣可也。”“伪清规一日存在，佛教亦一日无改良之望也。”(《南山律苑文集·问答十章》，见《弘一大师法集》(三)，蔡念生汇编，新文丰出版公司，第28页)]
明末佛教丛林清规几近无存，圆澄即在《慨古录》中慨叹：“去古日远，丛林之规扫地尽矣。佛日将沉，僧宝殆灭。”所以，明末佛教的丛林改革运动中，恢复和重建清规制度，乃是当务之急。致力于中兴曹溪祖庭的憨山德清，便对丛林寺院进行了诸多方面的整顿，其创制的《清规条例》、《曹溪宝林禅堂十方常住清规》，从制度上保障了寺院的生活、修行各方面的有效运转。真可弟子密藏道开，也制定有《楞严寺规约》。
云棲寺成立初始，莲池并未刻意建立大的丛林[ 莲池在《竹窗随笔·建立丛林》(《全集》第3672页)中说：“丛林为众，固是美事。然须己事已办而后为之。不然，或烦劳神志，或耽著世缘，致令未有所得者望洋而终，已有所得者中道而废。予兴复云棲，事事皆出势所自迫而后动作，曾不强为，而亦所损于己不少，况尽心力而求之乎。书此自警，并以告夫来者。”]。随着云棲道风日播，前来受教及受戒者络绎不绝，云棲寺渐成明末一大丛林。有鉴于后修清规的不合理，在多年经验积累的基础上，莲池另立道场规范，制定了周详、严明的《云棲共住规约》。
《云棲规约》分上集、下集、别集、附集三个部分。上集对云棲寺上院殿堂及下院等场所的行事、管理原则做出了具体规定。其中，大堂主念佛、礼诵等修行事仪(丛林修持之中心)，西堂是安排他寺前任住持、长老等客众，律堂主受戒、诵戒，法堂主讲经说法(丛林教育中心)，老堂安顿七十以上老僧，病堂安置生病僧人，各房为一般僧人居住的地方，下院包括上方(安顿担力兼护持生物)、长寿(专为放生)两处放生池及梵村静室(专为出入往来安顿米粮等物)、天池山(专为柴蔬)。
下集对寺中各方面具体事务作出规定：“直院事宜”，规定直院的产生与职责；“额定人数”，规定各堂人数；“节省财费”，规定寻常日用节俭事宜；“出应期会”，规定入山讲经及应请讲经之事宜；“暂到客众”，规定临时过往挂单僧人的接待事宜；“外住法眷”，对住在云棲寺以外的寺中僧人的规定；“十方云水”，规定如何接待外来…
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