..續本文上一頁僧俗；“衆事雜式”，規定寺中日常雜務。
別集對僧人出家、學戒、修持及日常生活中的行爲禮儀等各方面的儀式及軌則作出規定，包括有十種僧約、修身十事、直院誡言、堂銘、庫銘、廚房銘、浴室銘、定香銘、受食偈、誓神偈、老堂警策、病堂警策、生所警策(放生所)、聽講囑語、善罰例、免例、擯例(擯出寺院)、序禮式、年考式、求住式(出家條件、進大堂考四事)、剃發式及學戒式等。
附集則對叢林中各執事的權責、水陸道場及求戒、受戒等作出規定，包括有各執事條約(當家、知庫、知衆、知客、書記、知山、知屋、直板、典座、飯頭、菜頭、茶頭、柴頭、火頭、碗頭、磨頭、園頭、淨頭、擔力、化飯、鋪堂、香燈、侍者、看病、看老、警策、山門、聽用、印房)、齋堂條式、調理行人、晚餐偈、赴請叁約(規定傳本寺講經、傳戒、瑜伽施食，不得接受謝禮財物)、雲棲寺流通藏本法寶條約、藏經堂事宜、水陸道場規約、水陸道場議、誦經禮忏不誠敬罰例、學經號次、僧籍式、求戒啓式、授衣戒、拾遺式、過犯忏悔式、責問貼式、板帳清式、津送式、建塔式、上方善會約、魚池事宜、建塔所費議、勿納沈氏子孫出家議、囑語、再囑。
《雲棲規約》是明末特定社會下，佛教應對內部弊病和外部挑戰下的産物，它具有清規的一般共性，比如建立普請製度(集體勞動)、製定嚴明的日常生活儀軌、吸收儒家忠孝倫常思想建立僧團倫理生活規範等等，同時也不可避免地具備其獨特性與時代性。主要體現在：
一、離俗清修的原則
佛教傳到中國，必須與中國社會相適應，首先一點是要取得政治上和文化上的合法性。所以，清規一方面要製定對內的行爲准則，另一方面也必須確立外在的支持與保護即對外的准則。百丈古清規製定在佛教興盛的唐代，禅門的獨立性較強。從楊億序文來看，古清規並未涉及皇權和世俗社會方面。但是，宋代以後，隨著朝廷對佛教管理的日趨嚴格，及禅門的漸趨衰微，後來改編的清規便體現出對世俗皇權的依附，這在宋代宗頤的《禅苑清規》[ 《禅苑清規》卷二《念誦》曰：“初叁、十叁、二十叁念：皇風永扇，帝道遐昌，佛日增輝，*輪常轉。”(見《卍續藏經》第111冊，第885頁)]及元代《敕修百丈清規》裏都有明顯的反映。與此不同的是，《雲棲規約》保持了法門的純粹性，並不涉及與世俗權貴交往的內容。究其原因，一如前面章節已有之論述，“遠離貴要之門”是蓮池的處世原則。爲了讓僧衆省緣省事、悉心究道，蓮池所訂別集之《十種僧約》開端便言：“舍俗入門，單求何事。遠離市闠，專爲修行。如或不然，來此何益。今與衆約，能相體悉，乃可同居。不肯遵行，毋勞共住。”[《十種僧約》，《雲棲規約》別集，第4847頁]第九約有“妄議時政得失是非者出院。”《修身十事》第八“不外骛”條曰：“謂趨跄富室，幹谒貴門，或乞詩文，或求扁額，或假權勢，或索錢財，終日奔波，不思靜守，皆名外骛。”[《修身十事》，《雲棲規約》別集，第4855頁]當然，這裏的不事權貴並不等于不遵奉國家法令，《十種僧約》第一“敦尚戒德約”便明確告誡大衆：“故違朝廷公府禁令者出院。”在政局動蕩、法門搖曳的明末社會，正是憑此離俗清修、奉法唯謹的原則，雲棲道場才能夠得以充分發揮其安衆修行、度生濟世的功能。
二、外在的約束——經濟處罰
清規作爲一種製度，必然具有他律特征。叢林僧團中的每一個成員必須自覺遵守製度，才能保證團體的正常運行和和諧狀態。所以，對于違反清規、擾亂僧團綱紀之人，必須有一定的懲罰措施使之悔過自新，並達到警策安衆的目的。在百丈古清規序中，見到的處罰措施是逐出寺院或杖責從偏門趕出，並未涉及經濟因素：“或有假號竊行，混于清衆，別致喧擾之事，即當維那檢舉，抽下本位挂褡，擯令出院者，責安清衆也。或彼有所犯，集衆公議行責，即以拄杖杖之，遣逐從偏門而出者，示恥辱也。”[ 楊億《百丈清規序》，《卍續藏經》第111冊，第 574 頁] 元代的《敕修百丈清規》中，已見有經濟手段的管理了：“重則集衆箠擯，輕則罰錢、罰香、罰油，而榜示之。如關系錢物，則責狀追陪，惟平惟允，使自悔矣。”[《敕修百丈清規》卷二，《卍續藏經》第111冊，第498頁]過失較重，一如古清規，杖責或逐出寺院，至于較輕之過失，則實行罰錢罰物的形式。
《雲棲規約》中，對違反規定之人，除了重罪擯出，如《十種僧約·敦尚戒德約》爲：“破根本大戒者出院，誦戒無故不隨衆者出院，不孝父母者出院，欺淩師長者出院，故違進行公府禁令者出院，習近女人者出院，受戒經年不知戒相者出院，親近邪師者出院。”[《僧約》，《雲棲規約》別集，第4847頁]其他輕罪除了跪香，則以經濟手段實行處罰。如《大堂規約》中規定有：“有事出堂，首座處討牌。無牌徑出，罰錢二十文。”“開靜後，不修正念，聚頭雜話，巡香警覺不止者，罰錢二十文。屢犯出堂，巡香人不舉，同罰。”[《大堂規約》，《雲棲規約》上集，第4801頁]《法堂規約》中有：“學經依經次，不得跳越。跳越者，大經每部罰錢一百文，小部罰錢五十文。其錢請經施客僧。印房刻經造經，俱要帳目一一分明，如無誠信人專管，擇幾人輪管。”[《法堂規約》，《雲棲規約》上集，第4811頁]另外，對于特定的應做而不能做之事，還可以用銀錢代替。比如，叢林主持的選舉原則爲：“囑語請解行具足人作叢林主，如無其人，姑循戒次權直。力綿者，二人共之。全無力者，納銀一兩免之。力堪而求免者，納銀四兩八錢免之。七十以上者徑免，直年不滿者，一月納銀四錢。雖當戒次，而其人素行不端，衆所厭惡者，置不用。不肯依誡言立誓願者，令照例納銀四兩八錢免之。”[《直院事宜》，《雲棲規約》下集，第4823頁]
叢林是選佛場，是陶鑄聖賢的冶煉場，不僅要開發僧衆自性本有之智慧，還要培養僧衆高尚的道德品質，而品德的培養就是于日常生活、修行中磨煉心性。《雲棲規約》實行經濟處罰的形式，顯然並不是爲了懲罰而懲罰，而是藉此方便達到一種道德教育的目的。
叁、內在的激勵——善行記數
蓮池的佛教類功過格——《自知錄》，是采用道教功過格的形式，加以內容上的改編而成(見第五章第叁節《關于〈自知錄〉》)，其目的是以善惡功過的記數形式，引導僧俗棄惡從善、漸趨菩提。因爲功過記數形式的有效性與直觀性，雲棲寺僧團內部也采取了這種方法進行管理。《雲棲規約》別集之《善罰例》列有善門、罰門，其中善門又分爲福善類、慧善類，依善行大小進行記數。例如，福善類對作福的記數有：“作福事，計用銀二分爲一善。拾遺還主，或錢、或物，計銀叁分爲一善(不依式挂牌無善)。看輕病，一日爲一善。重病一日爲叁善。極重病一日爲五善。被罵不還罵爲五善，被打不還打爲十善。”[《善罰例》，《雲棲規約》別集，第4866頁]慧善類對修慧的記數有：“梵網經行願成誦，每一事爲八善，四十八願成誦爲叁善。……誦五戒十戒成式爲二善，誦比丘成式爲二善，誦菩薩戒成式爲叁善。”罰門則分爲上罰、中罰、下罰，“上罰納錢五百文，無錢跪香一百寸，不跪除一百善，無善出院。”[《善罰例》，《雲棲規約》別集，第4867頁]“中罰納錢五十文，無錢，跪香十寸。不跪，除十善，情輕重同前。”“下罰納錢五文，無錢，跪香十寸。不跪，除一善，情輕重同前。”[《善罰例》，《雲棲規約》別集，第4868頁]即罰銀、跪香、除善並施。在《各執事規約》及《齋堂條示》中便依此罰門標准實施處罰，例如，“知庫”條有“出納常住錢米什物，登記明白。失記五下罰。”[《各執事條約》，《雲棲規約》附集，第4878頁]“典座”條有“凡廚下鬥爭者，先勸令止，不止擊木板五下。又不止，連擂一通，堂內外值日人查舉，阿容不舉下罰，大事中罰。”[《各執事條約》，《雲棲規約》附集，第4889頁]
如果說罰銀錢的經濟手段是以外在的形式來約束僧衆，那麼善門、罰門的分類及善門的記數，則是以特殊的方式激勵僧衆爲善去惡，這也直接體現了蓮池以“止惡行善”之用直趨“善惡雙亡”之心地真戒的理念。不難得出，《雲棲規約》成爲蓮池因人、因時、因地之叢林教學中對戒律的有效補充。
四、淨土修學之保障
禅門清規是根據禅宗法門的特性、結合禅宗修行方法製定的，其規範具有法門的獨特性，如不立佛殿、唯樹法堂，教學采取朝參夕聚、主賓問酬、激揚宗要之靈活方式[ “其合院大衆，朝參夕聚，長者上堂、升座，主事徒衆，雁立側聆。賓主問酬，激揚宗要者，示依法而住也。”(見楊億《百丈清規》序文)]等。蓮池將雲棲寺辟爲淨土道場，“本意專爲與衆真實進修而已”[《囑語》，《雲棲規約》附集，第4947頁]，因此，《雲棲規約》主要是根據淨土修行的需要而製定的，體現了蓮池禅淨雙修、淨土爲歸的思想。
雲棲寺大堂是僧衆修行的主要地方，進大堂的首要條件即是專修淨土，“衆中或有雖居淨業堂，而不修念佛叁昧，作別行者，今本堂專一念佛，恐相耽誤，不敢強留。後傥發心念佛，可以再來無妨。”[《大堂規約》，《雲棲規約》上集，第4805頁]堂內每人則必須具備六事：淨土叁經(彌陀經疏鈔、觀經疏鈔、新刻古本大彌陀經)、新刻四十八願、西方願文、數珠，缺一不許進堂，借用亦不允許。從《大堂規約》來看，雲棲僧團一日的淨業修行爲止靜、禮誦、入觀，可謂不繁不簡、井然有序：堂中一時止靜，叁時禮誦，一時入觀。初五更爲第一時，止靜香到，誦楞嚴咒、上品上生章，念佛千聲，小淨土文回向。次晨後爲第二時，…
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