..續本文上一頁一則偏，缺二則隘，叁者無一而稱人者，則肖之而已。”[《學要》，《憨山老人夢遊集》卷叁十九，第2086頁]體現了其極力改變“習儒者拘，習老者狂，習佛者隘”之時弊的意圖。與憨山思路不同的是，蓮池針對明代佛道混融局面帶來的負面影響，在肯定佛道同根、同源、同理的前提下，較爲側重區分兩者之間的根本差異。
朱熹的理學體系是在吸取佛教心性論、本體論的基礎上建立的，但爲維護道統，又轉而反佛、貶低佛教，認爲中國佛教在流變過程中，從老莊、列子那裏借鑒了很多，甚至可以說是剽竊，並說佛經多是“中華文士相助撰集”的“胡本”，“釋氏書，其初只有《四十二章經》，所言甚鄙俚。後來日添月益，皆是中華文士相助撰集，如晉宋間自立講師，孰爲釋迦，孰爲阿難，孰爲迦葉，各相爲難。筆之于書，轉相欺诳，大抵多是剽竊《老子》、《列子》意思，變換推衍，以文其說。”[《朱子語類》卷一百二十六，《朱子全書》第18冊，上海古籍出版社，安徽教育出版社，2002，12 ]蓮池著意于澄清宋儒以佛典本出於老莊的偏見：
老莊之書“展而讀之，其所談，虛無自然而巳。虛無自然，彼所說之深深者也，尚不及佛法之淺淺。而謂佛從老莊出，何異父從子出耶？[《佛法本出老莊》，《正訛集》，第4072頁]
老莊說的道是法乎自然之道，本乎自然之道，其追求的“道的虛無”仍是在“外境實有”的執著之中。從佛教所言的人法二無我的角度看，其尚未破除法執。而佛家的道不落有無二邊，認爲諸法因緣和合而生，非自然，非不自然，超乎對待，“經言阿耨多羅叁藐叁菩提，是無上正覺之大道也，尚非自然，何況法自然者。”[《道原》，《竹窗隨筆》，第3775頁]因此，他贊成華嚴宗四祖清涼澄觀大師判老莊爲外道學說，“如其空無來原，自然生道，則清涼判爲無因，如其本於自然，方乃生道，則清涼判爲邪因。”[《道原》，《竹窗隨筆》，第3775頁]至于古德疏經造論多引用老莊語言，是因爲本土文字中惟周孔老莊學說爲至極，但亦只是借用其語，並不用其義。儒者說佛經非真佛所說，而爲後代才人所作，這更是無稽之談。佛經乃孔孟所不能道，何況古今才人又有誰能超踰孔孟呢？
相對于隱逸高遠、離俗忘世的道學思想，儒家人倫學說重在規範人倫行爲，穩定社會秩序方面，具有切實、溫和的特點。從世間來說，更具有現實教化的可行性與有效性。再從深層意義上看，儒家倫理思想亦是深沈廣大的，其真實踐履就是對人生命境界的提升，與佛教倫理具有相通性，是佛教倫理的有益補充，可作爲佛教出世修行的基礎。基于此，蓮池對孔子的評價明顯高于老莊，表現出對儒學世間教化功能的高度認可：
孔子之文，正大而光明，日月也。彼南華，佳者如繁星掣電，劣者如野燒也；孔子之文，渟蓄而汪洋，河海也。彼南華，佳者如瀑泉驚濤，劣者如亂流也；孔子之文，融粹而溫潤，良玉也。彼南華，佳者如水晶玻璃，劣者如珉珂珷玞也；孔子之文，切近而精實，五谷也。彼南華，佳者如安南之荔、大宛之葡萄，劣者如未熟之梨與柿也。[《莊子 二》，《竹窗隨筆》，第3647頁]
明末時，衆多的道教流派已基本合並爲正一道和全真道兩大派別。正一道主要從事于符箓齋醮，與佛教交涉較少。至于全真道，其從事的是性命雙修的內丹修煉。因爲道教自身心性理論的欠缺，全真道從王重陽創教始，便大量地吸收佛教因果報應等基本理論、禅宗心性學及修行方法。在性命雙修的前提下，主張先修性後修命，以“明心見性”爲首，由性修命。認爲只有了達真性才能無去無來，與虛空合體。這個傳統一直被後世全真道所繼承，並發揚之。
道教內丹修煉是以精氣神爲藥物、人體爲鼎爐的一項人體修煉工程。其修煉是建立在元氣論理論基礎上的，講究性命雙修，以得道成仙爲最終目標。這與佛教“萬法唯心”的理論基礎，明心見性、斷妄證真的成佛理念有著根本上的差異。道教內丹雖大量吸收佛教心性理論來充實自己的煉己工夫，但始終以萬法爲實有、神氣爲實在。所以，不同的內丹派別，雖有先修性後修命或先修命後修性之分，然都以性命雙修爲基本立場。因此，內丹人士多判佛教只修性不修命，僅出陰神不出陽神，不能形神俱妙，修得純陽之軀。全真道基于道教傳統，即認爲性體雖神秘無方，但僅僅明心見性並不能使性體與虛空合二爲一，必須使性與命相合，性命兼顧，才能形神俱妙，與虛空合一。所以全真道雖以了性爲首務，亦注重了命與了性的雙重證悟，由了命而進一步了性，了性與了命之間互相推進，直至達到性命雙全、混融一體的境界。
然而，佛門中的正統人士出于其根本見地，對道教仙術曆來持批判的態度，即使承認通過內丹修煉可長生成仙，但認爲道教執著于肉體或虛無，落于有、無二邊見，雖精勤苦修，終不能出離生死，出不得叁界，是不得智慧的世間法。《楞嚴經》中明確地說：“不依正覺修叁摩地，別修妄念，存想固形”，不出“輪回妄想流轉”，“報盡還來，散入諸趣”。《五燈會元》中，六祖慧能亦對佛道境界之差異作出評判：“外道所說不生不滅者，將滅止生，以生顯滅，滅猶不滅，生說無生。我說不生不滅者，本自無生，今亦無滅，所以不同外道。汝若欲知心惡，但一切善惡都莫思量，自然得入。清淨心體，湛然常寂，妙用恒沙。”[《五燈會元》卷一，《卍續藏經》第138冊，第38頁]指出外道(包括道教)是把生滅對立起來，通過修行消除二元對立，其所謂的無生，實際上是長生，在“時間相”中仍有生滅相，沒有達到終極的超越。而佛教的不生不滅，是“本無生，今亦無滅”，它超越了生死的對立，是超越時間、超越空間、離言絕相的。
明末佛教對道家思想多有融通，對道教煉養術則一致采取了批評和拒斥的態度。紫柏真可認爲，求仙是妄心妄求，“情波浩浩，無有窮已。”而真心則“物生不生，物滅不滅”，真身則“氣聚不聚，氣散不散。”[《法語》，《紫柏尊者全集》卷叁，《卍續藏經》第126冊，第684頁]所以與其求長生，爲生所累，不如破除身見，發明本心，視生無生，無生而生，“身見難消金石輕，何須更願學長生，始觀父母情未有，始見幽宵照世燈。”[《擇仙偈》，《紫柏尊者集》卷十九，《卍續藏經》第126冊，第964頁]憨山在《答德王問》中，將道教與當時的無爲等教同視爲邪法，非究竟解脫之路，“……乃至全真，采取陰陽等術，內丹外丹之說都是邪法，皆不可信。……這些全是在血肉軀上，妄認妄指之談，俱無下落。”[《答德王問》，《憨山老人夢遊集》卷十，第517頁]
對于曆史上佛道的性、命之爭，蓮池明確指出，內丹家從本宗修煉過程來評判道教性命雙修而佛教修性不修命的觀點是錯誤的，其錯誤的關鍵點在于對“性”字的片面理解上。道教神氣並用，以神爲性，以氣爲命，使神馭氣，神凝氣結而成丹，名之曰性命雙修，而“以佛單言見性不說及氣，便謂修性缺命，自爲偏枯，自不知錯認性字了也。”[《性命雙修》，《正訛集》，第4078頁]從內涵來說，佛教說的“性”字與道教的“性”截然不同：
佛所言性，至廣至大，至深至玄，奚可對氣平說，氣在性中，如一波在滄海耳。見佛性者，盡虛空法界無不具足，何況一身之氣而不該攝。故曰：但得本不愁末，則一修一切修，又豈止二事雙修而已。[《性命雙修》，《正訛集》第4078頁]
他指出，佛教之“性”是法界之性，是一切法本來具足，真實不虛、常住不變的體性。明心見性即是覓得真心，盡虛空遍法界、世出世間一切法皆是自己真心所現，又何足挂齒一“氣”呢？另外，佛教主張“無我”，認爲諸法皆由因緣和合而生，空無自性，現象、境界、工夫亦複如是。對于道教內丹在身體上作工夫的“炁”(或氣)功，認爲易造成對色身及境界的執著，滋長實我的妄見習氣，反而有礙于斷除煩惱、趨向解脫。所以，不同于道教修煉性命的是，佛教注重修行從“本”上下手，也就是要去除障礙真心本性不得顯現的妄想分別執著，恢複本來具足的自性清淨心。這樣，一修一切修，本有的智慧德能即得恢複。蓮池認爲，相較而言，內丹派南宗祖師張伯端和元代南宗傳人李道純，主張內丹修煉應以性爲先，對性命之說可謂頗有見地：
學仙如張紫陽真人，其論性命極分曉，而大尊佛法，謂佛法先性，萬有勝焉，可謂灼有見處。又李清庵真人論內外藥，以精氣神爲外藥，元精元氣元神爲內藥，而雲高上之士不煉外藥，便煉內藥，亦先性尤勝之說也。世人學仙者多，其知二公之微者蓋寡，吾是以闡之。[《性命雙修》，《正訛集》第4079頁]
陰神、陽神之爭，是長期以來佛道二教爭論的焦點。道教修行的目標是通過性命雙修達到形神俱妙，以出陽神爲超凡入聖的標志，所以內丹家大多貶斥佛教修性不修命的結果，是僅出陰神不出陽神之不究竟境界。蓮池闡明，對于“出神”之事，佛教是能而不爲，這是因爲：
神即識也，而分粗細。有出有入者，粗也。直饒出入俱泯，尚住細識，細之又細，悉皆渾化，始得本體耳。而著于出入以爲奇妙，前所謂無量劫來生死本，癡人認作本來人也。[《出神 二》，《竹窗隨筆》，第3708頁]
在他看來，道教所說的形神俱妙的陽神之境，究其實，仍是識神的作用。識神的作用亦有粗、有細。從佛教般若性空來講，萬法妙性本空，本無出入可言。執著有出有入的時空變化，這還是粗的妄想分別。如果出入俱泯，尚存有微細的妄想分別。待到細至極處，消除了微細分別的作用，一切身心根識也自然消除。斷除了諸識的妄想流注，便能轉識成智、斷妄成真，始得自性清淨的本來面目。如果還執著以識神的出入爲奇妙的終極境界，以爲證得了本來面目…
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