..续本文上一页一则偏，缺二则隘，三者无一而称人者，则肖之而已。”[《学要》，《憨山老人梦游集》卷三十九，第2086页]体现了其极力改变“习儒者拘，习老者狂，习佛者隘”之时弊的意图。与憨山思路不同的是，莲池针对明代佛道混融局面带来的负面影响，在肯定佛道同根、同源、同理的前提下，较为侧重区分两者之间的根本差异。
朱熹的理学体系是在吸取佛教心性论、本体论的基础上建立的，但为维护道统，又转而反佛、贬低佛教，认为中国佛教在流变过程中，从老庄、列子那里借鉴了很多，甚至可以说是剽窃，并说佛经多是“中华文士相助撰集”的“胡本”，“释氏书，其初只有《四十二章经》，所言甚鄙俚。后来日添月益，皆是中华文士相助撰集，如晋宋间自立讲师，孰为释迦，孰为阿难，孰为迦叶，各相为难。笔之于书，转相欺诳，大抵多是剽窃《老子》、《列子》意思，变换推衍，以文其说。”[《朱子语类》卷一百二十六，《朱子全书》第18册，上海古籍出版社，安徽教育出版社，2002，12 ]莲池着意于澄清宋儒以佛典本出於老庄的偏见：
老庄之书“展而读之，其所谈，虚无自然而巳。虚无自然，彼所说之深深者也，尚不及佛法之浅浅。而谓佛从老庄出，何异父从子出耶？[《佛法本出老庄》，《正讹集》，第4072页]
老庄说的道是法乎自然之道，本乎自然之道，其追求的“道的虚无”仍是在“外境实有”的执著之中。从佛教所言的人法二无我的角度看，其尚未破除法执。而佛家的道不落有无二边，认为诸法因缘和合而生，非自然，非不自然，超乎对待，“经言阿耨多罗三藐三菩提，是无上正觉之大道也，尚非自然，何况法自然者。”[《道原》，《竹窗随笔》，第3775页]因此，他赞成华严宗四祖清凉澄观大师判老庄为外道学说，“如其空无来原，自然生道，则清凉判为无因，如其本於自然，方乃生道，则清凉判为邪因。”[《道原》，《竹窗随笔》，第3775页]至于古德疏经造论多引用老庄语言，是因为本土文字中惟周孔老庄学说为至极，但亦只是借用其语，并不用其义。儒者说佛经非真佛所说，而为后代才人所作，这更是无稽之谈。佛经乃孔孟所不能道，何况古今才人又有谁能超踰孔孟呢？
相对于隐逸高远、离俗忘世的道学思想，儒家人伦学说重在规范人伦行为，稳定社会秩序方面，具有切实、温和的特点。从世间来说，更具有现实教化的可行性与有效性。再从深层意义上看，儒家伦理思想亦是深沉广大的，其真实践履就是对人生命境界的提升，与佛教伦理具有相通性，是佛教伦理的有益补充，可作为佛教出世修行的基础。基于此，莲池对孔子的评价明显高于老庄，表现出对儒学世间教化功能的高度认可：
孔子之文，正大而光明，日月也。彼南华，佳者如繁星掣电，劣者如野烧也；孔子之文，渟蓄而汪洋，河海也。彼南华，佳者如瀑泉惊涛，劣者如乱流也；孔子之文，融粹而温润，良玉也。彼南华，佳者如水晶玻璃，劣者如珉珂珷玞也；孔子之文，切近而精实，五谷也。彼南华，佳者如安南之荔、大宛之葡萄，劣者如未熟之梨与柿也。[《庄子 二》，《竹窗随笔》，第3647页]
明末时，众多的道教流派已基本合并为正一道和全真道两大派别。正一道主要从事于符箓斋醮，与佛教交涉较少。至于全真道，其从事的是性命双修的内丹修炼。因为道教自身心性理论的欠缺，全真道从王重阳创教始，便大量地吸收佛教因果报应等基本理论、禅宗心性学及修行方法。在性命双修的前提下，主张先修性后修命，以“明心见性”为首，由性修命。认为只有了达真性才能无去无来，与虚空合体。这个传统一直被后世全真道所继承，并发扬之。
道教内丹修炼是以精气神为药物、人体为鼎炉的一项人体修炼工程。其修炼是建立在元气论理论基础上的，讲究性命双修，以得道成仙为最终目标。这与佛教“万法唯心”的理论基础，明心见性、断妄证真的成佛理念有着根本上的差异。道教内丹虽大量吸收佛教心性理论来充实自己的炼己工夫，但始终以万法为实有、神气为实在。所以，不同的内丹派别，虽有先修性后修命或先修命后修性之分，然都以性命双修为基本立场。因此，内丹人士多判佛教只修性不修命，仅出阴神不出阳神，不能形神俱妙，修得纯阳之躯。全真道基于道教传统，即认为性体虽神秘无方，但仅仅明心见性并不能使性体与虚空合二为一，必须使性与命相合，性命兼顾，才能形神俱妙，与虚空合一。所以全真道虽以了性为首务，亦注重了命与了性的双重证悟，由了命而进一步了性，了性与了命之间互相推进，直至达到性命双全、混融一体的境界。
然而，佛门中的正统人士出于其根本见地，对道教仙术历来持批判的态度，即使承认通过内丹修炼可长生成仙，但认为道教执着于肉体或虚无，落于有、无二边见，虽精勤苦修，终不能出离生死，出不得三界，是不得智慧的世间法。《楞严经》中明确地说：“不依正觉修三摩地，别修妄念，存想固形”，不出“轮回妄想流转”，“报尽还来，散入诸趣”。《五灯会元》中，六祖慧能亦对佛道境界之差异作出评判：“外道所说不生不灭者，将灭止生，以生显灭，灭犹不灭，生说无生。我说不生不灭者，本自无生，今亦无灭，所以不同外道。汝若欲知心恶，但一切善恶都莫思量，自然得入。清净心体，湛然常寂，妙用恒沙。”[《五灯会元》卷一，《卍续藏经》第138册，第38页]指出外道(包括道教)是把生灭对立起来，通过修行消除二元对立，其所谓的无生，实际上是长生，在“时间相”中仍有生灭相，没有达到终极的超越。而佛教的不生不灭，是“本无生，今亦无灭”，它超越了生死的对立，是超越时间、超越空间、离言绝相的。
明末佛教对道家思想多有融通，对道教炼养术则一致采取了批评和拒斥的态度。紫柏真可认为，求仙是妄心妄求，“情波浩浩，无有穷已。”而真心则“物生不生，物灭不灭”，真身则“气聚不聚，气散不散。”[《法语》，《紫柏尊者全集》卷三，《卍续藏经》第126册，第684页]所以与其求长生，为生所累，不如破除身见，发明本心，视生无生，无生而生，“身见难消金石轻，何须更愿学长生，始观父母情未有，始见幽宵照世灯。”[《择仙偈》，《紫柏尊者集》卷十九，《卍续藏经》第126册，第964页]憨山在《答德王问》中，将道教与当时的无为等教同视为邪法，非究竟解脱之路，“……乃至全真，采取阴阳等术，内丹外丹之说都是邪法，皆不可信。……这些全是在血肉躯上，妄认妄指之谈，俱无下落。”[《答德王问》，《憨山老人梦游集》卷十，第517页]
对于历史上佛道的性、命之争，莲池明确指出，内丹家从本宗修炼过程来评判道教性命双修而佛教修性不修命的观点是错误的，其错误的关键点在于对“性”字的片面理解上。道教神气并用，以神为性，以气为命，使神驭气，神凝气结而成丹，名之曰性命双修，而“以佛单言见性不说及气，便谓修性缺命，自为偏枯，自不知错认性字了也。”[《性命双修》，《正讹集》，第4078页]从内涵来说，佛教说的“性”字与道教的“性”截然不同：
佛所言性，至广至大，至深至玄，奚可对气平说，气在性中，如一波在沧海耳。见佛性者，尽虚空法界无不具足，何况一身之气而不该摄。故曰：但得本不愁末，则一修一切修，又岂止二事双修而已。[《性命双修》，《正讹集》第4078页]
他指出，佛教之“性”是法界之性，是一切法本来具足，真实不虚、常住不变的体性。明心见性即是觅得真心，尽虚空遍法界、世出世间一切法皆是自己真心所现，又何足挂齿一“气”呢？另外，佛教主张“无我”，认为诸法皆由因缘和合而生，空无自性，现象、境界、工夫亦复如是。对于道教内丹在身体上作工夫的“炁”(或气)功，认为易造成对色身及境界的执著，滋长实我的妄见习气，反而有碍于断除烦恼、趋向解脱。所以，不同于道教修炼性命的是，佛教注重修行从“本”上下手，也就是要去除障碍真心本性不得显现的妄想分别执著，恢复本来具足的自性清净心。这样，一修一切修，本有的智慧德能即得恢复。莲池认为，相较而言，内丹派南宗祖师张伯端和元代南宗传人李道纯，主张内丹修炼应以性为先，对性命之说可谓颇有见地：
学仙如张紫阳真人，其论性命极分晓，而大尊佛法，谓佛法先性，万有胜焉，可谓灼有见处。又李清庵真人论内外药，以精气神为外药，元精元气元神为内药，而云高上之士不炼外药，便炼内药，亦先性尤胜之说也。世人学仙者多，其知二公之微者盖寡，吾是以阐之。[《性命双修》，《正讹集》第4079页]
阴神、阳神之争，是长期以来佛道二教争论的焦点。道教修行的目标是通过性命双修达到形神俱妙，以出阳神为超凡入圣的标志，所以内丹家大多贬斥佛教修性不修命的结果，是仅出阴神不出阳神之不究竟境界。莲池阐明，对于“出神”之事，佛教是能而不为，这是因为：
神即识也，而分粗细。有出有入者，粗也。直饶出入俱泯，尚住细识，细之又细，悉皆浑化，始得本体耳。而著于出入以为奇妙，前所谓无量劫来生死本，痴人认作本来人也。[《出神 二》，《竹窗随笔》，第3708页]
在他看来，道教所说的形神俱妙的阳神之境，究其实，仍是识神的作用。识神的作用亦有粗、有细。从佛教般若性空来讲，万法妙性本空，本无出入可言。执著有出有入的时空变化，这还是粗的妄想分别。如果出入俱泯，尚存有微细的妄想分别。待到细至极处，消除了微细分别的作用，一切身心根识也自然消除。断除了诸识的妄想流注，便能转识成智、断妄成真，始得自性清净的本来面目。如果还执著以识神的出入为奇妙的终极境界，以为证得了本来面目…
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