佛教傳入蒙古最遲在元憲宗蒙哥之世（1251～1259　　在位），成爲普遍信仰則始于忽必烈時代，在此以前，蒙人仍多信仰薩滿教，且有基督教活動之迹象。元世祖忽必烈于至元二十二年（1285）命八思巴等參對勘定漢、藏兩種藏經，撰成“至元法寶勘同總錄”。元成宗信佛極笃，故有必蘭納識裏代帝出家，且奉敕翻譯梵經爲蒙文。元武宗至大叁年（1310），西藏高僧法光入蒙，增訂蒙古新字，又有中國、回鹘學者譯西藏藏經爲蒙文。嗣後曆仁宗、英宗、晉宗、明宗、文宗、順帝，曆代皆崇信西藏佛教。明太祖興起（1368），元順帝北退後，蒙古佛教一時衰落，經百數十年，始有西藏黃教傳入蒙古，蒙古佛教遂再複興。

　　明代萬曆五年（1577），內蒙古俺答汗遣使入西藏，迎請第叁世達賴喇嘛巡錫蒙古，並于綏遠歸化城，爲達賴建寺，此即黃教盛行內蒙之始。而外蒙古開始有黃教，則爲阿巴岱汗之功。阿氏嘗延請叁世達賴之大弟子大慈邁達裏呼圖克圖于喀爾喀圖拉河邊一寺宣揚佛法，頗受蒙人之崇仰。而第一世哲布尊丹巴呼圖克圖（藏Rje-btsundam-pa,　　1635～1723）之出現，益使外蒙佛教光大。清代乾隆二十二年（1757），第二世哲布尊丹巴（1724～1757）于庫倫創辦劄尼特高等宗教學院，僧侶雲集，庫倫遂成外蒙政教中心、蒙古喇嘛教育聖地。此後，清代諸帝對曆世哲布尊丹巴均厚加禮遇，光緒四年（1878）情況驟變，庫倫滿洲大臣志剛，強要八世哲布尊丹巴（1870～1924）對辦事大臣起立相迎，此後，清蒙關系惡化，清朝大肆破壞蒙古佛教勢力，迨清朝覆亡，外蒙遂宣布獨立（1912）。哲布尊丹巴呼圖克圖則于庫倫自稱皇帝，成立大蒙古國。

　　與哲布尊丹巴同時之內蒙宗教領袖爲章嘉呼圖克圖（藏Lcan%-skya　　），即爲應內蒙各部之請而自藏入蒙之五世達賴弟子章嘉呼圖克圖。章嘉曆世內附清朝、民國政府，常駐錫多倫、北京、五臺山叁地。雍正帝更嘗自言其于禅之造詣即得力于章嘉。民國四十六年示寂于臺北之十九世章嘉，曾任蒙藏委員會委員、蒙旗宣化使、國民政府委員、總統府資政等要職。

　　蒙古佛教最盛時期，喇嘛約占住民人口叁分之一（二十世紀初），其重鎮則系距烏蘭貝多（Ulan　　Bator）二百五十哩處，建于一五八四年之厄丹尼珠寺（Erdeni^　　Dzu）。由于蒙古佛教傳自西藏，故其宗教儀式、寺院組織、活佛轉世等，多同于西藏。［世界佛教通史上冊（聖嚴）］

　　（故事）蒙古庫騰漢，于歲次巳未，有疾，多人診視不能痊。術窮。因議及西邊地方有奇異通曉五識名薩斯嘉恭噶嘉勒燦喇斯，延請醫治，庶幾有益。遂令韋瑪郭特之道爾達達爾罕爲首。往請怕克巴巴喇密特。系是戍子年以來紀叁千叁百七十五年歲次壬寅降生。至戊辰年二十七歲，往額讷特珂克與左道六師之異端講論辯難，窮其詞。獲班第達之號而歸。其叔父紮克巴嘉勒燦喇嘛曾告之雲：日後有東方帽若柄鷹，靴似豬鼻，屋似木網，娓娓長音，語須叁四譯者，系蒙古國君博第薩多之化身，名庫騰漢。遣使名道爾達者請汝，汝必往行。當于後彼處大興佛教。（中略）丁未年六十六歲與漢相見，造成獅吼觀音，收服龍王，仍與漢灌頂，頃刻病愈。衆皆歡喜。即遵薩斯喜班第達之言而行。所有邊界蒙古地方，創興禅教。歲次辛亥，怕克巴巴喇密特年七十歲圓寂。見蒙古源流。