本尊者，本有而于出世間爲最勝最尊者。大日經本尊叁昧品，以本尊之字、印、形叁者，各立爲二。(一)字之二種：(1)觀字義，阿字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨之菩提心。(2)唱阿之聲，唱之如鈴铎之不絕，以此聲調出入之息。

　　(二)印形之二種：(1)有形，形者，青黃等色、方圓等形、屈伸坐立之類。印者，所執之印，如金剛杵之類。即初心者先于心外觀有形之畫尊，藉此以漸入無形。(2)無形，後漸淳熟，又以加持力故，本尊自然顯現于心，與心相應，而于心外無緣。　　

　　(叁)本尊形之二種：(1)非清淨，即初心者初觀有相之尊，藉此而漸入無相清淨處，然以本尊爲有相故，稱爲非清淨。(2)清淨，即由有相進入無相清淨處，而寂然無相，是爲清淨。［大日經疏卷二十］　　

　　（名數）本尊叁昧品所說，字印形之本尊各立二種。字之二種者：一觀字義，阿字是菩提心，故即向阿字觀自性清淨之菩提心也。二唱阿之聲，唱之如鈴铎等之不絕也，又以此聲調出入之息也。印形之二種者：一有形，形是青黃赤白等色，方圓叁角等形，屈伸坐立及所住處之類也。印謂所執之印，即刀輪罥索金剛杵之類也，初心者先于心外觀畫尊等，故名有形。二無形，後漸淳熟，又以加持力故，自然而現，與心相應，以爾時此本尊但現于心，于心外無緣，故名無形。竊謂或初得世叁昧，見其本尊如是形，如是色，如是住處，如是坐立，如是曼荼羅中持如是印等，尚是有相，故名有形。後轉真言，宛然直見，如鏡像等不思而見，故名無形。本尊形之二種者，一非清淨，彼行者初因有相而引入無相，先觀圓明之佛菩薩印身，其初不見，故畫像等而觀之，漸則法力所加，漸得明了，而尚有所障，閉目則見之，開目則不見之，又漸次而開目閉目，皆得明見，漸漸不加作意而亦見之，乃至觸于身亦無有妨，猶如日對世人等然，依此有相漸引人于清淨處。以有相之故，名爲非淨。此由叁摩呬多（定之別名）等所引。故住于清淨處，寂然無相，名爲清淨。淨是果，非淨是因，非淨謂形色印相之類也，依此非淨而引生淨，由無常之因而至于常果也。見大日經疏二十。秘藏記本曰：“我本來自性清淨心，于世間出世間最勝最尊，故曰本尊。又已成佛本來自性清淨理，于世間出世間最勝尊，故曰本尊。”